Numéro de Novembre

AFEM, une riche semaine !

Lors de ce huitième colloque de l'AFEM (cf numéro précédent) ce ne sont pas moins de 163 chercheurs, doctorants et post-doctorants qui se sont retrouvés dans un cadre chaleureux, propice aux échanges scientifiques et personnels (photo) : la Bretagne (Breizh pour les intimes).
Mais pas le temps de baguenauder : la Science d'abord ! Cette édition s'est articulée autours d'une table-ronde, d'oraux et de posters.
La table-ronde – sur le thème « Cultiver l'incultivé : un enjeu en écologie microbienne » – a attiré du monde et a rappelé l'importance de la culture pour la compréhension des micro-organismes. Le devoir de transmission de ce savoir-faire aux générations futures a aussi été évoqué : doctorants, à vos boîtes de Pétri !
Les oraux et posters se sont orientés autours de cinq sessions/thèmes, respectivement : (i) biodiversité, dynamique & évolution des communautés microbiennes, (ii) écologie fonctionnelle (iii) interactions biotiques & abiotiques, (iv) écotoxicologie microbienne et (v) micro-organismes : valorisation & biotechnologies. Concernant les oraux, ce ne sont pas moins de 36 présentations qui se sont enchaînées sur quatre jours, dont près de la moitié présentée par des doctorants et post-doctorants. La qualité et la diversité des sujets traités ont fait mouche auprès du public : la relève semble bien assurée. Les 69 posters présentés ont fait l'objet d'un petit concours entre doctorants et post-doctorants. Plusieurs critères ont été pris en compte pour les évaluations : clarté et originalité du sujet, lisibilité, etc... Les heureux gagnants sont: Laure Arsenieff (Station biologique de Roscoff), Jordan Valente (Lyon) et Hélène Gardon (Université Clermont Auvergne). Bravo à eux !
Mais ce n'est pas tout. Bien que très soucieux de la qualité et de la rigueur scientifique du colloque, les organisateurs ont su rendre cette rencontre chaleureuse et conviviale par l'organisation d'une soirée bretonne (repas crêpes, danses bretonnes), d'un gala, mais aussi par un quizz scientifique animé par Jordan Hartunians (LM2E). Merci à eux !
Les photos prises lors de cette édition seront par ailleurs bientôt disponibles sur le site du colloque (https://afem2017.sciencesconf.org/).

Quoi de neuf au secrétariat LM2E IFREMER ?

Une nouvelle arrivante au secrétariat LM2E IFREMER : Christel Lescure qui sera présente pour une durée de deux ans dans le cadre de sa formation en alternance en BTS assistante manager. Vous pourrez désormais faire appel à elle les lundi, mardi et mercredi !
Christine Lamy (qu’on ne présente plus) est quant à elle en pré-retraite progressive depuis le 1er novembre et sera à partir de cette date à mi-temps. Vous pouvez toujours l’embêter (gentiment hein !) les mardi et jeudi des semaines paires et les mardi, jeudi et vendredi des semaines impaires.

Pour toutes questions ou demandes à adresser au secrétariat, l’adresse mail à utiliser, de préférence, à partir de maintenant est : secretariat.lmee@ifremer.fr

Les dernières sorties scientifiques du labo

Publiée:
Ralec, C., Henry, E., Lemor, M., Killelea, T., & Henneke, G. (2017). Calcium-driven DN A synthesis by a high-fidelity DNA polymerase.Nucleic Acids Research
Proofs validées:
Mercier, C., Lossouarn, J., Nesbø, C.L., Haverkamp, T.H.A., Baudoux, A.C., Jebbar, M., N. Bienvenu, N., Thiroux, S., Dupont, S., Geslin, C. (2017). Two new viruses, MCV1 and MCV2, which infect Marinitoga bacteria isolated from deep-sea hydrothermal vents: Functional and genomic analysis, Environmental Microbiology

So long, thésards !

Durant les deux prochains mois, le fameux « Marathon de la Thèse » prendra fin pour quatre de nos courageux inscrits. En effet, nous arrivons dans la période des soutenances et nous comptons sur vous pour encourager ces doctorants lors de leur sprint final. Mélanie sera la première à atteindre l’arrivée le 17 novembre, suivie de Charlène le 28, Vincent le 29, et enfin Damien fermera la marche le 19 décembre. Au programme il y aura des polymérases d’Archées, des sédiments marins, des crevettes hydrothermales et des génomes de Thermococcales ! Ces trois années de courses auront été une belle aventure pour eux, et pour leurs collègues qui garderont à coup sûr un bon souvenir de leur passage dans le labo. On espère tous que les apéritifs ou repas de clôture seront aussi mémorables que les soutenances !

Les microbiologistes fêtent-ils Halloween?

Pour certains microorganismes, c’est Halloween tous les jours ! Voici un tour d’horizon de ces charmantes petites bêtes qui n’ont rien à envier à Dracula et autres zombies…
C’est le cas de Micavibrio aeruginosavorus, une bactérie qui s’accroche à la paroi d’une autre bactérie avant de se nourrir de ce qui se trouve à l’intérieur de la cellule. Une fois la bactérie vorace repue, elle s’en va, laissant sa victime morte ou agonisante.
D’autres bactéries, les Phytoplasma, vont elles avoir la capacité de transformer la belle plante pleine de vie et de projets qu’elles infectent en une plante “zombie” toujours vivante, mais qui sera devenue stérile et entièrement dévouée à son parasite.
Mais la palme de l’horreur revient à Baculovirus, un virus infectant d’innocentes chenilles. Une fois contaminées, ces dernières perdent tout sens des réalités et vont mourir en haut d’une plante. Cependant le virus n’en reste pas là, il produit des enzymes qui vont venir liquéfier le corps de la chenille qui finira par exploser, dispersant plein de petites gouttes de chair contaminée sur les plantes voisines. Beurk !

Un débrief de workshop ? EBAME !

(Un comique de répétition ? EBAME !)

Il a fallu une semaine, 51h de cours et mise en pratique pour clôturer le workshop EBAME. Cette troisième édition cachait un nouveau format principalement axé sur l’utilisation des nouveaux outils informatiques dans le traitement des données de métagénomique. Les intervenants nous ont démontré la force de techniques comme DESMAN développé par Christopher Quince pour la détection de variants au sein de métagénomes, de Anvi’o la plateforme de visualisation des données génomique et métagénomique par Meren, et le clou du spectacle assuré par Nick Loman : un séquençage en direct suivi de l’analyse en temps réel d’un métagénome de Roquefort grâce au MinION d'Oxford Nanopore. Les participants au workshop ont donc vécu une semaine riche en informations, mais aussi en convivialité dans le centre de vacances à Locmaria-Plouzané. Rendez-vous l’année prochaine pour la quatrième édition.

Le point sinisation

La réunion inaugurale du LIA Microbsea a dû être repoussée à mars 2018, la partie chinoise n'ayant pas validé la convention faute de temps. Karine, Claire, Didier et Mohamed sont tout de même aller à Xiamen début novembre pour donner des conférences et pour discuter des modalités de la réunion de lancement du LIA qui se déroulera en mars prochain, à Xiamen, en présence des représentants des différentes tutelles françaises et chinoises. Les futurs sujets de thèses et post-doc qui seront menés dans le cadre du LIA ont aussi été discutés (un post-doc co-encadré par Didier et un collègue chinois, une thèse dirigée par Claire avec une candidate chinoise (Liu Je) qui arrivera en octobre prochain, une thèse codirigée par Karine, Mohamed et Zongze Shao entre la France et la Chine).

A venir : formation autoclave

Le service hygiène et sécurité de l’UBO propose à la fin du mois une formation à la conduite des autoclaves. La partie théorique aura lieu le 17 novembre après-midi, la partie pratique quant à elle se déroulera le 27 novembre en matinée. C’est d’humeur primesautière que Marc, Sarah, Jordan et Clarisse (côté IUEM) ainsi que David et Marion (côté Ifremer) vont suivre cette formation et seront donc bientôt en mesure de gérer leurs expérimentations de façon autonome. Vous pourrez prochainement venir les solliciter pour vous prêter main forte en cas de besoin.

Le point culture : Movember, bière et microbiote capillaire

Qui dit Novembre, dit Movember : le mois de l’année où tous rasoirs sont à bannir. Laissez votre virilité s’échapper Messieurs (Dames) ! Et pour la bonne cause : lever des fonds pour la recherche dans les problèmes de santé masculins, cancer de la prostate notamment.
Si la barbe ne fait pas l’homme, elle fait surement le brasseur. Sans aborder le thème éculé du hipster barbu louant la suavité de sa bière, la rédaction a préféré se pencher sur le cas très particulier de John Maier : le concepteur de la Rogue Beard Beer. Il s’agit d’une bière dont la levure provient de neuf poils de sa barbe. Ce brasseur à la recherche d’une souche locale pour ancrer sa bière dans le territoir de l'Oregon a finalement trouvé bonheur sous son nez. La souche est hybride entre la levure “Pacman” utilisée couramment dans la brasserie et une souche sauvage. “We want to let the yeast be the star of the show” explique John Maier, mais la situation polarise les clients : génie créatif ou concept dégoûtant ? Laissez nous votre avis.

Au RU, on va déguster !

Au 2 Novembre dernier, notre très cher Restaurant Universitaire a fait – bien discrètement – sa petite révolution ! C'est en effet à partir de cette date que le paiement des repas se fait exclusivement via le système « Izly » (www.izly.fr), adieu donc les problèmes de liquidités ! Tous à vos smartphones et/ou cartes d’étudiants !
C'est aussi à partir de cette date que le prix du repas pour les doctorants passe de 3,25 à 4,50 € (soit une augmentation de 38%), puisque le tarif “thésard” nouvellement appliqué n’existait pas jusqu’alors...