Soutenance de thèse de Sofia Strubbia le 04 décembre 2019 à 10h au Centre Ifremer Atlantique à Nantes

Sofia Strubbia qui a réalisé ses travaux de thèse au sein du Laboratoire Santé, Environnement et Microbiologie, soutiendra sa thèse de Doctorat le 04 décembre 2019 à 10h dans l'amphithéâtre du Centre Ifremer à Nantes. 

Titre de la thèse: "Norovirus et huître : infectiosité et approche génomique"

Cette thèse a été réalisée dans le cadre du projet Européen H2020 COMPARE qui a pour ambition d'améliorer et de faciliter la detection et la prise de décision face à la survenue d'épidemies chez l'Homme ou l'animal en utilisant des nouveaux outils de séquençage génomique. Mes recherches ont ciblé les norovirus, connus comme les principaux agents de gastroentérite virale humaine. Leur variabilité génétique élevée et les fréquents évènements de recombinaisons associés à une forte résistance dans l’environnement contribuent à la survenue régulière de ces épidémies de gastroentérites hivernales. Les huîtres élevées dans des zones côtières contaminées peuvent accumuler les norovirus pendant leur activité de filtration. L’utilisation des nouvelles techniques de séquençage haut débit et d'infectiosité sur entéroîdes, nous ont permis de progresser dans la compréhension des mécanismes de survie et de dissémination des souches de norovirus. La préparation de l'échantillon (eaux usées ou coquillages), est primordiale pour concentrer et purifier les norovirus avant d'appliquer les méthodes de metagénomique. Les méthodes développées et optimisées dans cette thèse pour ces matrices, nous ont permis de caractériser des génomes complets de norovirus. Disposer de méthode sensible permettant d'identifier les norovirus mais également les autres virus entériques humains, émergents ou re-émergents permettra dans le futur de limiter leur transmission. L'utilisation des cellules souches intestinales nous a permis de démontrer, pour la première fois, la persistance des norovirus dans l'eau de mer.

Membres du jury:

Prof. Albert BOSCH, Université de Barcelone, Espagne

Prof. Marion KOOPMANS, Erasmus university, Pays Bas

Prof. Nathalie RUVOEN, Oniris-site de la Chantrerie, Nantes

Mael BESSAUD, Institut Pasteur, Paris,

M. Jacques LE PENDU, Inserm, Nantes

Mme Soizick LE GUYADER, Ifremer, Nantes.