Synthèses et rapports nationaux

Synthèse et rapport national 2019

Le contexte de crise (anomalies climatiques, épisodes de mortalités, défaut du recrutement, variabilité de la croissance...) nécessite la mise en œuvre de moyens d’observation pertinents à l’échelle nationale permettant de mesurer objectivement au travers de différents proxys l’état général de santé des populations d’huîtres cultivées et sauvages, et ce pour les différentes phases sensibles de leur cycle de vie (reproduction, écologie larvaire, recrutement, croissance, survie). Dans la mesure où l’élevage de l’huître creuse est, pour la quasi-totalité du cycle, réalisé en milieu naturel, ces outils font nécessairement appel à des systèmes organisés d’observation sur le long terme et à grande échelle permettant d’intégrer aussi la diversité des écosystèmes côtiers dans lesquels l’huître creuse s’est installée depuis son introduction. Sur le long terme, ces dispositifs d'observation doivent permettre de mieux évaluer les risques biologiques encourus par la filière afin de mieux s'y adapter, notamment sous la contrainte croissante du changement climatique et de l'érosion de la biodiversité.

Dans ce contexte, l’objectif général du projet ECOSCOPA est de mutualiser et pérenniser les dispositifs d’observation actuels basés sur différents écosystèmes côtiers, créés antérieurement par les projets RESCO et VELYGER, et d’y ajouter progressivement de nouveaux indicateurs physiologiques et environnementaux, contribuant à une analyse pertinente de l’intégralité du cycle de vie de cette espèce en lien avec les pressions climatiques et anthropiques.

Pour ce faire, le projet propose des suivis réguliers concernant la physiologie, la croissance, la survie, la reproduction et le recrutement de l’huître en relation avec son environnement hydrologique immédiat et ce au sein de huit grands écosystèmes contrastés et pour lesquels il existe des suivis antérieurs. Il s’agit des sites suivants : (1) Lagune de Thau ; (2) Bassin d’Arcachon ; (3) Pertuis Charentais ; (4) Baie de Bourgneuf ; (5) Baie de Vilaine ; (6) Rade de Brest ; (7) Baie du Mont St Michel et (8) Baie des Veys.

Sur le plan environnemental, ces sites sont équipés de sondes multi-paramètres à haute fréquence (Température et Salinité) et font l’objet de prélèvements réguliers pour des analyses phytoplanctoniques soit par mutualisation avec le réseau REPHY de l'Ifremer soit indépendamment. Dans le cadre de l’action ECOSCOPA, l’objectif est donc de poursuivre l’acquisition de ces données et d’y adjoindre, selon les sites, de nouveaux descripteurs pertinents pour l'espèce en relation avec d’autres projets (i.e. : mesures continues de pH et de fluorimétrie).

Sur le plan de la physiologie, le projet propose des suivis réguliers concernant la croissance et la survie en relation avec son environnement hydrologique. Ces données permettent d’analyser statistiquement les liens entre ces différents paramètres, et d’établir des analyses spatio-temporelles pour dégager des tendances à l’échelle nationale. Un des exemples récents de valorisation de ces données vient d’être publié dans le journal Scientific Report (Fleury et al., 2020). Parallèlement à ces suivis in situ, l’action ECOSCOPA permet également d’effectuer des expérimentations « miroirs » en milieu contrôlé, pour affiner, entre autres, la tolérance thermique de l’huître creuse dans le contexte du réchauffement climatique. C’est notamment par le biais d’une thèse adossée à ce projet ECOSCOPA que les mécanismes de compensation physiologiques (trade-offs) face à des hausses de températures sont étudiés.

Sur le plan de la reproduction et du recrutement, cette espèce a fait l’objet d’un travail d’importance depuis 2008 au travers du réseau national VELYGER (e.g. Pouvreau et al., 2015). Six écosystèmes choisis dans cette action sont justement les sites étudiés par VELYGER et les deux écosystèmes de Manche Occidentale vont l'objet depuis 2019 d'un suivi du recrutement sauvage.

Le recrutement naturel fait aussi l'objet d'un suivi cytogénétique. Dans le cadre du réseau ECOSCOPA 2019, la sous-action AnoGen a eu pour objectif la détermination de la variabilité du niveau de ploïdie des naissains sauvages de C. gigas issus des principaux sites de captage naturel en France. En effet, en plus de leur importance comme espèces d'intérêt aquacole, les huîtres sont des organismes aquatiques sentinelles pouvant servir de bio-indicateurs pour l'identification in situ de changements environnementaux, soit d’origine naturelle soit liés à l’activité humaine.

Enfin, et de façon complémentaire, l’action ECOSCOPA se propose aussi chaque année de développer de nouveaux outils permettant de mieux évaluer certains aspects du cycle de vie de l’espèce. En 2018 et 2019, un effort particulier a été consacré à la description fine du microenvironnement physique rencontré par l’huître au travers du développement de capteurs endogènes innovants (capteur BODY©Ifremer, capteur de température endogène acquise en haute fréquence). Au laboratoire, nous avons montré qu’un choc thermique de 8°C modifie les mécanismes intracellulaires de l’huître creuse et induit une « réponse thermique clés» sur le plan physiologique. Or, l’animal qui a induit sa réponse thermique est alors mieux protégé du virus OsHV-1 avec une survie améliorée de +30% (Delisle, 2018). Aujourd’hui, les suivis de température endogène que nous avons entrepris dans le cadre du projet Ecoscopa permettent d'évaluer les températures réelles auxquelles font face les huîtres dans leur environnement naturel (notamment en fonction de leur position bathymétrique sur l'estran) et les réponses physiologiques induites. Nos objectifs futurs sont de définir les limites de tolérance thermique du naissain d’huître creuse et de résistance aux maladies, grâce à l’utilisation de ces capteurs BODY en expérimentations sur le terrain et au laboratoire.

Le rapport ci joint présente donc de façon successive : (1) les suivis 2019 des paramètres environnementaux sur les huit sites atelier ; (2) les suivis partiels (cf encart ci-dessous) de croissance et de mortalités des lots sentinelles sur ces mêmes sites ; (3) une présentation exhaustive des données concernant le cycle de reproduction et le recrutement de l’huître en 2019 et (4) le développement de nouveaux outils et descripteurs écophysiologiques pertinents avec, cette année comme en 2018, une description plus fine du microenvironnement de l’animal et son impact sur ses performances physiologiques de croissance et de défense face aux pathogènes.

Le 4 juin 2019, une infection par un parasite du genre Haplosporidium a été suspectée d’être responsable de la mortalité d’un lot d’huîtres creuses Crassostrea gigas juvéniles au sein de la station Ifremer de Bouin. Le prélèvement avait été réalisé le 28 mars 2019 pour ce lot présentant des mortalités chroniques depuis décembre 2018, et aucune détection de Vibrio aestuarianus ou d’autres bactéries majoritaires ni de l’herpèsvirus OsHV-1 n'avait été constatée lors des premières analyses réalisées. Le 8 juin 2019, des analyses de caractérisation moléculaire complémentaires (PCR et séquençage) ont permis d’identifier le parasite comme appartenant à l’espèce Haplosporidium costale sur la base des connaissances actuelles en matière de génome pour ce parasite. La Direction générale de l’Ifremer et la Direction générale de l’alimentation (DGAL) ont été prévenues par email le jour-même de la confirmation de la détection d’H. costale associé à des mortalités d’huîtres C. gigas (8 juin 2019). Le 13 juin, une cellule opérationnelle interne Ifremer a été mise en place pour organiser les actions d’investigations épidémiologiques, environnementales et biologiques au sein de l’Ifremer, et pour transmettre des recommandations. Dans l'état actuelle des connaissances, il s’agissait de la première détection d’une infection par un parasite interprété comme H. costale chez l’huître creuse C. gigas associée à des mortalités en France et en Europe d’après les données publiées disponibles. Cet événement a été donc interprété comme une alerte par la cellule opérationnelle interne Ifremer au regard de la réglementation européenne (Directive CE 2006/88 du Conseil du 24 octobre 2016).

En vertu du principe de précaution, cette infection a été considérée comme nouvelle et transmissible. Les recommandations suivantes ont été formulées et diffusées le 13 juin et le 17 juin 2019 :
- la suspension des mouvements d’animaux depuis les installations Ifremer de Bouin et vers ces installations;
- la destruction des lots des deux unités épidémiologiques des installations dans lesquelles de l’ADN du parasite a été détecté ;

- le nettoyage et désinfection des locaux et du matériel avec la mise en place d’un vide sanitaire ;

- la destruction des lots issus des installations expérimentales Ifremer de de Bouin depuis janvier 2018 et déployés sur le terrain (dont les lots ECOSCOPA) ; - la destruction du matériel d’élevage (poches...).

L’objectif de ces mesures était de limiter la transmission potentielle de l’infection et de réduire son extension : réduire les contacts entre les animaux potentiellement infectieux et les animaux sensibles et diminuer la quantité d’organismes pathogènes.
D'un point de vue pratique, l’ensemble des lots ECOSCOPA (3 classes d’âge sur site : NSI 6 mois, 18 mois et 30 mois) ont donc été détruits au cours de la semaine 25 (du 17 au 19 Juin 2019) soit à l'autoclave, ou via une incinération, mettant ainsi un terme aux suivis de croissance et de mortalité sur l’ensemble des 8 sites pour cette année.

 

Synthèse et rapport national 2013

Le réseau d’observations conchylicoles RESCO assure, depuis 2009, le suivi de lots sentinelles d'huîtres creuses Crassostrea gigas sur des sites ateliers disposés sur l'ensemble du littoral français. Leur suivi permet d'acquérir des données nationales de croissance et de mortalité, de traduire la dynamique spatio-temporelle des performances d’élevage et ainsi de participer à la compréhension des phénomènes observés.
Pour ce faire, des lots sentinelles d’huîtres correspondant à différentes origines (captage ou écloserie, diploïdes ou triploïdes) et à différents stades d’élevage (naissain ou adultes 18 mois) sont déployés simultanément sur 13 sites ateliers représentant les grandes régions conchylicoles du littoral français.
En parallèle des suivis de croissance et de mortalité, des données associées à la présence d’agents infectieux dans ces huîtres, ainsi que des variables environnementales (température,
salinité, flores sur certains sites) sont acquises.

Synthèse et rapport national 2011

Face à l’évolution constante du phénomène de mortalité affectant les huîtres creuses sur l'ensemble des bassins ostréicoles français, il est apparu indispensable de pouvoir disposer de séries temporelles relatives à la survie et à la croissance des huîtres en élevage dans les divers environnements conchylicoles.
Pour cela, l’Ifremer met en œuvre, depuis 2009, un réseau (Observatoire Conchylicole) dont l’objectif est d'observer et de caractériser sur un plan national la dynamique spatio-temporelle des performances conchylicoles de lots d’huîtres sentinelles, et en particulier de la survie dans le contexte de la crise ostréicole actuelle.

Synthèse et rapport national 2009

L'observatoire conchylicole a été mis en place en 2009 dans le but d'avoir une représentation nationale de l'évolution spatio-temporelle de la crise des surmortalités de naissain de Crassostrea gigas qui a touché l'ensemble des bassins ostréicoles français.
La mise en œuvre cet l'observatoire s'appuie sur des sites-ateliers répartis dans les principaux bassins producteurs d’huîtres creuses sur les côtes de l'Atlantique, de la Manche et de la Méditerranée. L'observatoire conchylicole a ainsi réalisé, sur 13 sites ateliers, le suivi de lots sentinelles d'huîtres creuses Crassostrea gigas caractéristiques de la production française. Ces lots sentinelles constituent un échantillon de chacune des populations utilisées. Cependant, la variabilité importante existant à l'intérieur de chacune de ces populations ne permet pas d'attribuer telle ou telle propriété à une quelconque origine de cheptel, au vu des performances des lots sentinelles utilisés dans l'observatoire.

Synthèse et rapport national 2018

Occupant une place de premier ordre dans les paysages côtiers français, l’ostréiculture est le premier contributeur de la filière aquacole française avec une production estimée à 85000 tonnes ces dernières années. Pourtant, depuis 2008, cette espèce est affectée par des épisodes de mortalités massives et récurrentes déclenchées par la présence d'agents infectieux viraux (de type Herpes virus OsHV-1 μVar) en conjonction avec des facteurs environnementaux (i.e. élévation de la température). Cette infection virale induit une altération des défenses antimicrobiennes ainsi qu'une déstabilisation de son microbiote. Ce processus conduit à une infection secondaire par des bactéries opportunistes potentiellement pathogènes qui se multiplient rapidement entrainant des dommages tissulaires irréversibles conduisant à la mort de l’animal. En parallèle et bien que mal renseignées, ces phénomènes de mortalités touchent aussi les nombreux bancs sauvages présents sur la côte française. Or, la filière ostréicole repose sur un approvisionnement en naissain qui provient majoritairement du captage naturel, pratiqué désormais dans plusieurs bassins ostréicoles. Cependant, sur tous ces secteurs, la reproduction et le recrutement présentent des performances très variables d'une année à l'autre. Ce contexte de crise (épisodes de mortalités, défaut du recrutement, variabilité de la croissance...) nécessite la mise en œuvre de moyens d’observation pertinents à l’échelle nationale permettant de mesurer objectivement au travers de différents proxys l’état général de santé des populations d’huîtres cultivées et sauvages, et ce pour les différentes phases sensibles de leur cycle de vie (reproduction, écologie larvaire, recrutement, croissance, survie).

L’objectif général du projet ECOSCOPA est donc de mutualiser et pérenniser les dispositifs d’observation actuels, créés antérieurement par les projets RESCO et VELYGER, et d’y ajouter progressivement une série de nouveaux indicateurs physiologiques et environnementaux pertinents, contribuant à une analyse plus fine du cycle de vie de cette espèce en lien avec les pressions climatiques et anthropiques.
Le rapport ci joint présente donc, pour l'année 2018, de façon successive : (1) les suivis des paramètres environnementaux sur les huit sites atelier ; (2) les suivis de mortalités des lots sentinelles menés dans le cadre du RESCO ; (3) une analyse rétrospective décennale des performances de croissance en relation avec les abondances phytoplanctoniques ; (4) une présentation exhaustive des données du réseau VELYGER sur le cycle de reproduction et le recrutement de l’huître et (5) le développement de nouveaux outils et descripteurs écophysiologiques pertinents avec, cette année, une description plus fine du microenvironnement de l’animal et son impact sur ses performances physiologiques de croissance et de défense face aux pathogènes.

Synthèse et rapport national 2014

Le réseau d’observations conchylicoles RESCO assure, depuis 2009, le suivi de lots sentinelles d'huîtres creuses Crassostrea gigas sur des sites ateliers disposés sur l'ensemble du littoral français. Leur suivi permet d'acquérir des données nationales de croissance et de mortalité, de traduire la dynamique spatio-temporelle des performances d’élevage et ainsi de participer à la compréhension des phénomènes observés.
Pour ce faire, des lots sentinelles d’huîtres correspondant à une même origine et à différents stades d’élevage (naissain, adultes 18 mois et 30 mois) sont déployés simultanément sur 12 sites ateliers représentant les grandes régions conchylicoles du littoral français.
En parallèle des suivis de croissance et de mortalité, des données associées à la présence d’agents infectieux dans ces huîtres, ainsi que des variables environnementales (température,
salinité) sont acquises.

Synthèse et rapport national 2012

Le réseau d’observations conchylicoles RESCO assure, depuis 2009, le suivi de lots sentinelles d'huîtres creuses Crassostrea gigas sur des sites ateliers disposés sur l'ensemble du littoral français. Leur suivi permet d'acquérir des données nationales de croissance et de mortalité, de traduire la dynamique spatio-temporelle des performances d’élevage et ainsi de participer à la compréhension des phénomènes observés.
Pour ce faire, des lots sentinelles d’huîtres correspondant à différentes origines (captage ou écloserie, diploïdes ou triploïdes) et à différents stades d’élevage (naissain ou adultes 18 mois) sont déployés simultanément sur 13 sites ateliers représentant les grandes régions conchylicoles du littoral français.
En parallèle des suivis de croissance et de mortalité, des données associées à la présence d’agents infectieux dans ces huîtres, ainsi que des variables environnementales (température,
salinité, flores sur certains sites) sont acquises.

Synthèse et rapport national 2010

L'Ifremer met en œuvre depuis 2009 un Observatoire conchylicole dont l'objectif est de caractériser, sur un plan national, la dynamique spatio-temporelle des performances de l'huître creuse "Crassostrea gigas", et en particulier du phénomène de surmortalités touchant le naissain de cette espèce, tout en offrant la possibilité de détecter rapidement les évolutions survenant dans le comportement du cheptel en élevage.