Mise en œuvre

Le dispositif du REPAMO est activé lorsque surviennent des événements de hausses de mortalités anormales de mollusques. Il s'ensuit une succession d'actions faisant intervenir les différents acteurs du réseau.

Remarque: le point de départ des actions est une observation, la plupart du temps faite par des professionnels qui ont alors une obligation de déclarer l'événement mais cette observation peut également être relayée auprès des DDTM par toute personne témoin d'un événement de mortalité anormale de mollusques.

Échantillonnage

Les prélèvements doivent être réalisés le plus rapidement possible après le constat de la hausse de mortalité afin de pouvoir échantillonner des individus malades car ce sont les individus pour lesquels la probabilité de trouver un organisme pathogène potentiellement impliqué dans le phénomène de mortalité est la plus grande.

Afin d’être représentatifs de la population atteinte, les échantillons d’animaux sont prélevés à différents endroits du site concerné selon un protocole établi.

Analyses réalisées

Les échantillons analysés dans le cadre des hausses de mortalité contiennent au moins 30 individus, malades (moribonds) de préférence, et sont répartis en deux groupes : un groupe de 10 individus au moins pour les analyses de bactériologie et virologie et un groupe de 20 individus au moins pour les analyses histologiques.

Les méthodes d’analyses utilisées par les laboratoires agréés sont :

  • L’histologie permet une recherche assez large d’agents pathogènes infectieux par visualisation directe au microscope des organismes ou de lésions. C’est une méthode non spécifique qui permet d’identifier les parasites au niveau du genre mais ne permet pas de distinguer les espèces.
  • La bactériologie permet de cultiver et d’isoler les bactéries majoritairement présentes chez les mollusques prélevés. Les bactéries isolées sont ensuite analysées à l’aide d’une PCR en temps réel Taqman permettant la détection des bactéries du groupe Splendidus et la bactérie Vibrio aestuarianus.
  • La virologie permet de rechercher la présence de l’herpès virus OsHV-1 par PCR en temps réel après une étape d’extraction de l’ADN des coquillages. Il existe 2 méthodes PCR officielles pour la détection du virus OsHV-1 : une méthode de type Taqman et une méthode de type SYBRGreen.

En cas de suspicion de présence d’un agent pathogène réglementé ou émergent, le LNR effectue des analyses complémentaires afin de confirmer ou caractériser plus finement l’organisme pathogène en question, telles que :

  • des PCR spécifiques ciblant l’agent infectieux suspecté,
  • le séquençage de certaines régions du génome, qui permet de connaître la composition exacte d’un fragment d’ADN amplifié par PCR de l’agent pathogène,
  • l’hybridation in situ (HIS), qui permet de localiser un fragment d’ADN cible (de l’agent pathogène) sur une coupe histologique afin de conclure quant à son implication dans les lésions observées.