DAUCHY Adèle -2016-

DAUCHY SILBANDE Adèle

Laboratoire Ecosystèmes microbiens et molécules marines pour les biotechnologies (EM3B)

Ifremer (Nantes)

Ecole doctorale de l’université des Antilles (Martinique)

Spécialité : Sciences agronomiques, biotechnologies agro-alimentaires

 
Directeur de thèse : Mme LEROI Françoise
Co-encadrant :Mme SMITH-RAVIN Juliette

E-mail :adele.dauchy@gmail.com

Sujet de thèse

Ecosystèmes microbiens des poissons tropicaux après abattage et incidence sur la qualité des produits.

Mots clés

Microbiologie, qualité, poisson, tropical, thon, loup des caraïbes.

 

En quelques mots

Le poisson est un produit très périssable dont l’altération résulte essentiellement de la croissance bactérienne. Comparé aux régions tempérées, peu d’études portent sur le microbiote d’altération des poissons tropicaux. En Martinique, le thon jaune (Thunnus albacares) et l’ombrine ocellée (Sciaenops ocellatus) représentent des poissons d’intérêt pour les filières pêche et aquaculture. Dans le but de mieux connaître le microbiote d’altération de ces poissons, des analyses culturales et aculturales (séquençage de nouvelle génération des amplicons d’ARNr 16S, Illumina MiSeq) ont été réalisées.
Une grande diversité d’espèces bactériennes a été retrouvée dans le thon et l’ombrine fraîchement pêchés (104 et 887 OTUs, respectivement) et la plupart d’entre elles sont communément isolées des poissons (Chryseobacterium, Burkholderia, Flavobacterium, Psychrobacter, Arthrobacter, Staphylococcus). Certaines, comme Ralstonia sp. et Rhodanobacter terrae, en quantité importante dans le thon frais, sont plus atypiques. Au cours de l’entreposage du thon sous-glace, Pseudomonas et Brochothrix deviennent dominants. L’emballage sous atmosphère modifiée (MAP) ou sous vide (VP) entraine clairement la sélection de Brochothrix dans un cas et d’un mélange de Brochothrix, bactéries lactiques (Lactococcus piscium, Carnobacterium maltaromaticum) et d’entérobactéries (Hafnia paralvei) dans l’autre, et ne permet pas une augmentation significative de la durée de conservation. Pour les filets d’ombrine, peu de différences sont observées entre MAP et VP dont le microbiote se compose essentiellement de bactéries lactiques (Carnobacterium spp., Vagococcus spp., Lactococcus spp., Leuconostoc spp.). La durée de conservation est étendue de 15 jours par rapport au poisson entier sous air.
L’inoculation de différentes espèces bactériennes dans de la chair pauci-microbienne de thon ou d’ombrine a montré que Hafnia paralvei et Serratia spp. sont les espèces les plus altérantes. Brochothrix thermosphacta et Carnobacterium spp. produisent aussi des odeurs indésirables mais de façon plus modérée. Chez Pseudomonas, les espèces ne sont pas toutes altérantes et présentent même parfois des capacités à empêcher le développement des mauvaises odeurs induites par d’autres bactéries (Pseudomonas psychrophila/fragi) et à dégrader l’histamine (Pseudomonas cedrina, Pseudomonas plecoglossicida/monteilii).
En parallèle, des tests sensoriels et des dosages physico-chimiques ont également été réalisés pour comprendre les conséquences de la croissance bactérienne et identifier des indicateurs fiables pour l’évaluation du degré d’altération des produits.

Soutenue le 8 décembre 2016, devant le jury composé de:

Rapporteur:  Mme Souad CHRISTIEANS, Docteur HDR, ADIV, Clermont-Ferrand

Rapporteur: Mr Georges DAUBE, Professeur des Université, Université de Liège, Liège

Examinateur: Mme Sandra ADENET, Responsable R&D, Pôle Agroalimentaire Régional de Martinique, Martinique

Examinateur/Président du jury: Mr Christophe ROOS, Professeur des Universités, Université des Antilles, Martinique

Examinateur: Mr Lionel REYNAL, Directeur de recherche, Ifremer, Martinique