BEGREM Simon

BEGREM Simon

Laboratoire EM3B, Ifremer & Laboratoire Mer Molécules Santé, MMS-EA2160, de l’Université de Nantes

Ecole doctorale VENAM

Spécialité : Microbiologie

Directeur de thèse : Olivier Grovel (MMS)

Co-directeur de thèse: Christine Delbarre-Ladrat (Ifremer EM3B)

Co-encadrant: Delphine Passerini (Ifremer EM3B)

Sujet de thèse

Orientation du métabolome d’une bactérie lactique d’origine marine pour la production de molécules antimicrobiennes ciblées

Mots clés

Bactéries marines, molécules antimicrobiennes, Carnobacterium, métabolomique, biosynthèse.

En quelques mots

Une bactérie lactique appartenant à l’espèce Carnobacterium inhibens a montré la capacité d’inhiber in vitro un grand nombre de bactéries pathogènes pour l’homme ou pour les animaux marins. Elle représente une chance de découvrir de nouvelles molécules.

La thèse proposée a pour objectif de caractériser les molécules antimicrobiennes produites par cette souche, qui appartient à une espèce encore très peu étudiée. Les voies de biosynthèse de ces molécules actives ainsi que leur structure chimique seront décrites par le couplage de méthodes haut-débit de génomique, de transcriptomique et de métabolomique. Une fois identifiées, les voies de production de ces molécules pourront être orientées à façon afin d’envisager à plus long terme de cibler spécifiquement un pathogène et optimiser la production d’un composé particulier par modificaiton des conditions culturales notamment en utilisant des co-cultures avec des champignons marins et en analysant l’impact sur la production, étudiant en particulier si des molécules sont différentiellement biosynthétisées.