L'Ifremer, présent sur 25 implantations réparties sur tout le littoral métropolitain et en outre-mer, possède 6 implantations localisées sur la façade Atlantique : le Centre Atlantique, localisé à Nantes, et 4 stations côtières basées en région Pays de La Loire (station de Bouin), en région Poitou-Charentes (stations de La Rochelle et de La Tremblade) et la région Aquitaine (station d'Arcachon). Une équipe est également localisée à Anglet (région Aquitaine) et accueillie dans les locaux de l'Université de Pau et des Pays de l'Adour.