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Rencontres bioinformatiques Ifremer

Les Rencontres Bioinformatiques Ifremer sont organisées sur deux demi journées et elles sont l'occasion d'échanger sur les travaux scientifiques en lien avec la bioinformatique. 

Edition 2022 - Pacifique

L’édition 2022 des Rencontres Bioinformatiques se tiendra exceptionnellement sur le Centre Ifremer du Pacifique en Polynésie.

Pour cette édition, le SeBiMER se déplacera à Tahiti et proposera en conséquence une version étendue des Rencontres, co-organisées avec les collègues des Centres Ifremer de Tahiti et de Nouvelle Calédonie. Ce sera l'occasion de réunir la communauté bioinfo/bioanalyse des centres Ifremer du Pacifique et de Nouvelle Calédonie, ainsi que les collègues des centres de recherche et universitaire présents en Polynésie et en Nouvelle Calédonie.

L'événement se déroulera ainsi en deux temps du 29 août au 9 septembre 2022 :

  • les Rencontres Bioinfos proprement dites qui se tiendront sur deux matinées (8h-11h heure de Tahiti, 20h-23h heure de Métropole) selon un programme classique d’exposés ;
  • une série de trois formations : « Assemblage et annotation de génomes », « Génomique comparative » et « Analyse de données metabarcoding ». Programme prévisionnel.

Afin de nous permettre d'organiser cette édition spéciale, merci de remplir ce formulaire avant le 31 mai.

Edition 2021

Date : 20 et 21 septembre 2021 en visio-conférence

Programme :

  • lundi 20/09 :
    • 9h00 : accueil... et tests de la visio pour tous les participants
    • 9h10-9h40 : "Actualités bioinfos", SeBiMER (Ifremer, Plouzané)
    • 9h40-10h30 : "Bioinformatique et coévolution phage/vibrio", David Goudenege (Ifremer, Roscoff)
    • 10h30-11h00 : pause
    • 11h00-11h30 : "Mise en place d'un Genome Borwser pour espèces modèles Ifremer", Clémence Carcopino (Ifremer, Plouzané)
    • 11h30-12h00 : "Diversité et évolution du virus OsHV-1 - Premiers résultats", Camille Pelletier (Ifremer, La Tremblade)
    • 12h00-12h30 :  "Évaluation de la technologie Oxford Nanopore sur le séquençage d’OsHV-1 à partir de tissus d’huîtres infectées",  Aurélie Dotto-Maurel (Ifremer, La Tremblade)
  • mardi 21/09 :
    • 9h-9h30 : "De la population à la cellule: le modèle Pinctada margaritifera", Jérémy Le Luyer (Ifremer, Tahiti)
    • 9h30-10h00 : Exposé du GT Nanomer
    • 10h00-10h30 : "De novo transcriptome assembly and analysis of the Flat Oyster pathogenic protozoa Bonamia ostreae", Germain Chevignon (Ifremer, La Tremblade)
    • 10h30-11h00 : pause
    • 11h00-11h30 : "Nouveaux outils bioinfos", SeBiMER (Ifremer, Plouzané)
    • 11h30-12h30 : Table ronde, discussion générale sur les activités bioinformatiques
    • 12h30 : fin des journées

Edition 2020

Date : 17 et 18 septembre 2020 en visio-conférence

Programme :

  • jeudi 17/09 :
    • 9h00 : accueil... et tests de la visio pour tous les participants
    • 9h10 à 9h40 : "Actualités bioinfos", SeBiMER, Ifremer
    • 9h40-10h40 : "Illustration des usages de l'IA en bioinformatique : conception de protéines par raisonnement automatique et probabiliste". Thomas Schiex, INRA Toulouse.
    • 10h40-10h50 : pause
    • 10h50-11h30 : "Develop your workflows in a FAIR way". Cyril Noël, SeBiMER, Ifremer
    • 11h30-12h30 : discussion libre, débat, table ronde. Compte-rendu de la réunion.
    • 12h30 : fin de la première journée
  • vendredi 18/09 :
    • 9h-9h40 : "Exposé sur les usages de l'IA en bioinfo". Véronique Stoven, MINES ParisTech.
    • 9h40-10h20 : "Petit vers marin: gros casse-tete bioinformatique", Flavia Nunes, Dyneco-LEBCO, Ifremer
    • 10h20-10h30 : pause
    • 10h50-11h40 : Réunion du "Groupe de Travail Nanomer".
    • 11h40-12h30 : Réunion du "Réseau des Correspondants Bioinformatiques". 
    • 12h30 : fin des journées

Edition 2019 - Montpellier

Date : 7 et 8 novembre 2019

Lieu : salle de réunion "Salle de séminaire", située au sous-sol du Bat 24,  Université de Montpellier / Campus Triolet (plan).

Programme :

  • jeudi 7/11 :
    • 13h30 : accueil
    • 14h à 14h30 : introduction par le service bioinformatique
    • 14h30-15h30 : "Applications 3C/Hi-C pour l’assemblage de (Méta)génomes", Martial Marbouty, CR CNRS UMR 3525, Département Génomes et Génétique, Institut Pasteur, Paris.
    • 15h30-15h50 : "Traitement de la diversité génétique par des approches de variant calling sur des datas de NGS", Jean Delmotte, UMR IHPE, Ifremer, Montpellier
    • 15h50-16h10 : "Minion, Flora, Pirates & Corsaires, A l'assaut du pangenome des microalgues !", Grégory Carrier et Clément Bellot, LPBA, IFREMER Nantes
    • 16h10-16h40 : pause
    • 16h40-17h20 : "Oxford Nanopore Sequencing data analyses and applications", Babett Guenther, UMR Marbec, Ifremer, Sète.
    • 17h20-18h : table ronde sur les usages de la technologie Nanopore à l'Ifremer
  • vendredi 8/11 :
    • 9h-9h40 : "Development of a flexible automated workflow for the reproducible and standardized processing of DNA metabarcoding data", Laure Quintric et Cyril Noël, SeBiMER, Ifremer Brest
    • 9h40-10h20 : "Bioinformatic analysis on OsHV-1 during an infection in Crassostrea gigas", Camille Pelletier, SG2M, Ifremer, La Tremblade
    • 10h20-10h50 : pause
    • 10h50-11h30 : "De l'utilité de bien gérer les données bioinformatiques", Laura Leroi, SeBiMER, Ifremer Brest
    • 11h30-12h30 : discussion libre, débat, table ronde
    • 12h30 : fin des journées

Edition 2018 - Nantes

La première édition a eu lieu sur le site IFREMER de Nantes les 12 et 13 novembre 2018.

Programme et diapositives des présentations