Rencontres bioinformatiques Ifremer
Les Rencontres Bioinformatiques Ifremer sont organisées sur deux journées et elles sont l'occasion d'échanger sur les travaux scientifiques en lien avec la bioinformatique.
Edition 2019
Date : 7 et 8 novembre 2019
Lieu : salle de réunion "Salle de séminaire", située au sous-sol du Bat 24, Université de Montpellier / Campus Triolet (plan).
Programme :
- jeudi 7/11 :
- 13h30 : accueil
- 14h à 14h30 : introduction par le service bioinformatique
- 14h30-15h30 : "Applications 3C/Hi-C pour l’assemblage de (Méta)génomes", Martial Marbouty, CR CNRS UMR 3525, Département Génomes et Génétique, Institut Pasteur, Paris.
- 15h30-15h50 : "Traitement de la diversité génétique par des approches de variant calling sur des datas de NGS", Jean Delmotte, UMR IHPE, Ifremer, Montpellier
- 15h50-16h10 : "Minion, Flora, Pirates & Corsaires, A l'assaut du pangenome des microalgues !", Grégory Carrier et Clément Bellot, LPBA, IFREMER Nantes
- 16h10-16h40 : pause
- 16h40-17h20 : "Oxford Nanopore Sequencing data analyses and applications", Babett Guenther, UMR Marbec, Ifremer, Sète.
- 17h20-18h : table ronde sur les usages de la technologie Nanopore à l'Ifremer
- vendredi 8/11 :
- 9h-9h40 : "Development of a flexible automated workflow for the reproducible and standardized processing of DNA metabarcoding data", Laure Quintric et Cyril Noël, SeBiMER, Ifremer Brest
- 9h40-10h20 : "Bioinformatic analysis on OsHV-1 during an infection in Crassostrea gigas", Camille Pelletier, SG2M, Ifremer, La Tremblade
- 10h20-10h50 : pause
- 10h50-11h30 : "De l'utilité de bien gérer les données bioinformatiques", Laura Leroi, SeBiMER, Ifremer Brest
- 11h30-12h30 : discussion libre, débat, table ronde
- 12h30 : fin des journées
Edition 2018
La première édition a eu lieu sur le site IFREMER de Nantes les 12 et 13 novembre 2018.
Programme et diapositives des présentations
- Lundi 12/11 :
- 13h30 : accueil
- 14h à 14h30 : introduction par la cellule bioinformatique ; quelques actualités, etc.
- 14h30-15h30 : "de novo analysis and assembly of large genomes" par Ryan Chikhi (CNRS Lille)
- 15h30-16h10 : "tribulations autour de l'assemblage du genome de Crassostrea gigas" par Jean-Baptiste Lamy (Ifremer, La Tremblade)
- 16h40-17h20 : "annotation of transposable elements in algae Tisochrysis lutea" par Grégory Carrier (Ifremer, Nantes)
- 17h20-18h : "Dynamique des efflorescences à Alexandrium minutum: structuration génétique ou expression différentielle" par Mickael Le Gac (Ifremer, Brest)
- Mardi 13/11 :
- 9h-9h40 : "Innovative metabolomic workflows to study growth kinetics dinoflagellate cysts revived from modern and ancient sediments" par Florence Mondeguer (Ifremer, nantes)
- 9h40-10h20 : "Norovirus et huître : approche génomique" par Sofia Strubbia (Ifremer, Nantes)
- 10h50-11h30 : présentation du réseau de bio-analystes Ifremer
- 11h30-12h30 : discussion libre, débat, table ronde
- 12h30 : fin des journées