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Rencontres bioinformatiques Ifremer

Les Rencontres Bioinformatiques Ifremer sont organisées sur deux demi journées et elles sont l'occasion d'échanger sur les travaux scientifiques en lien avec la bioinformatique. 

Edition 2022 - Pacifique

L’édition 2022 des Rencontres Bioinformatiques se tiendra exceptionnellement sur le Centre Ifremer du Pacifique en Polynésie.

Pour cette édition, le SeBiMER se déplacera à Tahiti et proposera en conséquence une version étendue des Rencontres, co-organisées avec les collègues des Centres Ifremer de Tahiti et de Nouvelle Calédonie. Ce sera l'occasion de réunir la communauté bioinfo/bioanalyse des centres Ifremer du Pacifique et de Nouvelle Calédonie, ainsi que les collègues des centres de recherche et universitaire présents en Polynésie et en Nouvelle Calédonie.

L'événement se déroulera ainsi en deux temps du 29 août au 9 septembre 2022 :

  • les Rencontres Bioinfos proprement dites qui se tiendront sur deux matinées (7h30-11h30 heure de Tahiti, 19h30-23h30 heure de Métropole) selon un programme classique d’exposés ;
  • une série de quatre formations thématiques qui se dérouleront sur 8,5 jours.

I/ Programme des Rencontres Bioinformatiques (29-30 août) :

  • Modalités : sur site à Tahiti et en visio-conférence (liens à venir)
  • lundi 29/08 (horaire de Tahiti ; pour la Métropole : +12h) :
    • 7h30 (soit 19h30 en Métropole) : accueil... et tests de la visio
    • 7h40-8h : "Présentation des journées", Philippe Moal, Vaihiti Teaniniuraitemoana (RMPF, Ifremer Tahiti), Patrick Durand (SeBiMER, Ifremer, Plouzané)
    • 8h-8h40 : "Méta-analyses des communautés microbiennes des eaux du lagon aux élevages larvaires de crevettes en lien avec les facteurs environnementaux", Carolane Giraud (LEAD-NC, Ifremer Nouméa)
    • 8h40-9h20 : "Mise en évidence de l'influence du lagon et de lignées microbiennes clés sur le microbiote de l'eau d'élevage des larves de la crevette bleue du Pacifique", Nolwenn Callac (LEAD-NC, Ifremer Nouméa)
    • 9h20-10h : "Metabarcoding et impact de l'aquaculture sur l'environnement", Charlotte Moritz (RMPF, Ifremer Tahiti)
    • 10h-10h20 : pause
    • 10h20-11h00 : "Large-Scale Automatic Feature Selection for Biomarker Discovery in High-Dimensional OMICs Data", Mickael Leclercq (ADCBL, Université Laval, Canada)
    • 11h00-11h30 : "Varier les plaisirs : combiner les approches et les compartiments biologiques pour répondre aux problématiques aquacoles, un exemple chez le Platax orbicularis", Jérémy Le Luyer (RMPF, Ifremer Tahiti)
  • mardi 30/08  (horaire de Tahiti ; pour la Métropole : +12h) :
    • 7h30 (soit 19h30 en Métropole) : accueil... et tests de la visio
    • 7h40-8h20 : "Sea-Monitor: Une valise de diagnostic génomique pour tous basée sur le séquençage Nanopore", Germain Chevignon (ASIM, Ifremer La Tremblade)
    • 8h20-9h : "athENA : Gestion des données bioinformatiques selon des pratiques FAIR", Pauline Auffret (SeBiMER, Ifremer Brest)
    • 9h-9h40 : "Caractérisation du microbiote actif de la crevette Litopenaeus stylirostris", Valérie Perez (LEAD-NC, Ifremer Nouméa)
    • 9h40-10h20 : "Recherche de gènes candidats de maladies des plantes d'agrumes à partir de transcriptomes de bases de données publiques", Rodrigo Machado (INTA, Concordia/Argentine)
    • 10h20-10h40 : pause
    • 10h40-11h20 : "Actualités bioinfos du SeBiMER", Patrick Durand (SeBiMER, Ifremer Brest)
    • 11h20-12h : Table ronde, discussion générale sur les activités bioinformatiques
    • 12h : fin des journées
    • 12h00 : déjeuner amélioré ; restaurant du Centre Ifremer Pacifique

II/ Programme des Formations (30/08 - 09/09) :

  • Modalités : uniquement en présentiel sur le Centre Ifremer de Tahiti pour des raisons pédagogiques
  • Les formations données :
    • Utilisation du cluster de calcul DATARMOR (30/08 après-midi)
    • Assemblage et annotation de génomes (31/08 - 02/09)
    • Génomique comparative (05/09)
    • Analyse de données metabarcoding (07 - 09/09)
  • Programme complet disponible ici.

Edition 2021

Date : 20 et 21 septembre 2021 en visio-conférence

Programme :

  • lundi 20/09 :
    • 9h00 : accueil... et tests de la visio pour tous les participants
    • 9h10-9h40 : "Actualités bioinfos", SeBiMER (Ifremer, Plouzané)
    • 9h40-10h30 : "Bioinformatique et coévolution phage/vibrio", David Goudenege (Ifremer, Roscoff)
    • 10h30-11h00 : pause
    • 11h00-11h30 : "Mise en place d'un Genome Borwser pour espèces modèles Ifremer", Clémence Carcopino (Ifremer, Plouzané)
    • 11h30-12h00 : "Diversité et évolution du virus OsHV-1 - Premiers résultats", Camille Pelletier (Ifremer, La Tremblade)
    • 12h00-12h30 :  "Évaluation de la technologie Oxford Nanopore sur le séquençage d’OsHV-1 à partir de tissus d’huîtres infectées",  Aurélie Dotto-Maurel (Ifremer, La Tremblade)
  • mardi 21/09 :
    • 9h-9h30 : "De la population à la cellule: le modèle Pinctada margaritifera", Jérémy Le Luyer (Ifremer, Tahiti)
    • 9h30-10h00 : Exposé du GT Nanomer
    • 10h00-10h30 : "De novo transcriptome assembly and analysis of the Flat Oyster pathogenic protozoa Bonamia ostreae", Germain Chevignon (Ifremer, La Tremblade)
    • 10h30-11h00 : pause
    • 11h00-11h30 : "Nouveaux outils bioinfos", SeBiMER (Ifremer, Plouzané)
    • 11h30-12h30 : Table ronde, discussion générale sur les activités bioinformatiques
    • 12h30 : fin des journées

Edition 2020

Date : 17 et 18 septembre 2020 en visio-conférence

Programme :

  • jeudi 17/09 :
    • 9h00 : accueil... et tests de la visio pour tous les participants
    • 9h10 à 9h40 : "Actualités bioinfos", SeBiMER, Ifremer
    • 9h40-10h40 : "Illustration des usages de l'IA en bioinformatique : conception de protéines par raisonnement automatique et probabiliste". Thomas Schiex, INRA Toulouse.
    • 10h40-10h50 : pause
    • 10h50-11h30 : "Develop your workflows in a FAIR way". Cyril Noël, SeBiMER, Ifremer
    • 11h30-12h30 : discussion libre, débat, table ronde. Compte-rendu de la réunion.
    • 12h30 : fin de la première journée
  • vendredi 18/09 :
    • 9h-9h40 : "Exposé sur les usages de l'IA en bioinfo". Véronique Stoven, MINES ParisTech.
    • 9h40-10h20 : "Petit vers marin: gros casse-tete bioinformatique", Flavia Nunes, Dyneco-LEBCO, Ifremer
    • 10h20-10h30 : pause
    • 10h50-11h40 : Réunion du "Groupe de Travail Nanomer".
    • 11h40-12h30 : Réunion du "Réseau des Correspondants Bioinformatiques". 
    • 12h30 : fin des journées

Edition 2019 - Montpellier

Date : 7 et 8 novembre 2019

Lieu : salle de réunion "Salle de séminaire", située au sous-sol du Bat 24,  Université de Montpellier / Campus Triolet (plan).

Programme :

  • jeudi 7/11 :
    • 13h30 : accueil
    • 14h à 14h30 : introduction par le service bioinformatique
    • 14h30-15h30 : "Applications 3C/Hi-C pour l’assemblage de (Méta)génomes", Martial Marbouty, CR CNRS UMR 3525, Département Génomes et Génétique, Institut Pasteur, Paris.
    • 15h30-15h50 : "Traitement de la diversité génétique par des approches de variant calling sur des datas de NGS", Jean Delmotte, UMR IHPE, Ifremer, Montpellier
    • 15h50-16h10 : "Minion, Flora, Pirates & Corsaires, A l'assaut du pangenome des microalgues !", Grégory Carrier et Clément Bellot, LPBA, IFREMER Nantes
    • 16h10-16h40 : pause
    • 16h40-17h20 : "Oxford Nanopore Sequencing data analyses and applications", Babett Guenther, UMR Marbec, Ifremer, Sète.
    • 17h20-18h : table ronde sur les usages de la technologie Nanopore à l'Ifremer
  • vendredi 8/11 :
    • 9h-9h40 : "Development of a flexible automated workflow for the reproducible and standardized processing of DNA metabarcoding data", Laure Quintric et Cyril Noël, SeBiMER, Ifremer Brest
    • 9h40-10h20 : "Bioinformatic analysis on OsHV-1 during an infection in Crassostrea gigas", Camille Pelletier, SG2M, Ifremer, La Tremblade
    • 10h20-10h50 : pause
    • 10h50-11h30 : "De l'utilité de bien gérer les données bioinformatiques", Laura Leroi, SeBiMER, Ifremer Brest
    • 11h30-12h30 : discussion libre, débat, table ronde
    • 12h30 : fin des journées

Edition 2018 - Nantes

La première édition a eu lieu sur le site IFREMER de Nantes les 12 et 13 novembre 2018.

Programme et diapositives des présentations