Formations Bioinformatiques en Polynésie - 2022

Dans le cadre de l'édition 2022 des Rencontres Bioinformatiques Ifremer qui se dérouleront à Tahiti, le SeBiMER organisera une série de trois formations.

Programme prévisionnel des formations

  • Assemblage et annotation de génomes (3 jours)
    L’objectif est d’initier les participant.e.s aux concepts et à l'usage des méthodes bioinformatiques pour l’assemblage de novo et l’annotation de génomes à partir de technologies de séquençage short (Illumina) et long reads (PacBio / Oxford Nanopore). La formation sera basée sur des cours théoriques et exercices pratiques au moyen de l’interface usegalaxy.fr. À la fin de la formation, les participant.e.s seront capables de comprendre ce qui est nécessaire pour générer un bon génome annoté.
  • Génomique comparative (1 jour)
    Formation en cours de préparation
  • Analyse de données metabarcoding (3 jours)
    Le principal objectif est d’initier les participants à l'usage des méthodes bioinformatiques et statistiques pour analyser les données de séquençage à haut débit de metabarcoding. Le cours sera basé sur des exercices théoriques et pratiques au moyen du logiciel SAMBA qui implémente ces méthodes.

Les programmes détaillés sont en cours de préparation.

Pré-requis

Une connaissance et une première utilisation du portail Galaxy et de la ligne de commande Linux sont très vivement recommandés pour profiter pleinement des formations ; au besoin, un rapide cours d'introduction à Galaxy et Linux sera proposé.

Public visé

Doctorant.e.s, ITAs, chercheur.se.s, enseignant.e.s et ingénieur.e.s impliqué.e.s dans des projets concrets d’analyse de données metabarcoding,  d’assemblage et/ou d’annotation de génomes.

Elles seront accessibles aux personnels des Centres de recherche de l'Ifremer (Pacifique et Nouvelle Calédonie), et des autres centres et universités présents en Polynésie.

Pour des raisons pratiques et pédagogiques, ces formations ne seront proposées qu'en présentiel, pas de visioconférence possible.

Inscription

La participation aux formations est gratuite, mais l'inscription obligatoire via ce formulaire.