Formation metabarcoding 2022

Contexte

Le séquençage à haut débit des amplicons de marqueurs taxonomiques tels l’ADN ribosomique, les gènes COI/COX ou les ITS a ouvert de nouveaux horizons dans l'étude des communautés de macro et micro-organismes et l'étude des écosystèmes.

Le but de cette formation est, d’une part, d’introduire les concepts clés liés aux analyses de metabarcoding et de les illustrer au moyen de cas concrets d’analyse et, d’autre part, de former les utilisateurs aux traitements de données de metabarcoding au travers de l’usage du logiciel SAMBA (Noël & Quintric et al., in submission).

Objectifs

Le principal objectif est d’initier les participants à l'usage des méthodes bioinformatiques et statistiques pour analyser les données de séquençage à haut débit de metabarcoding. Le cours sera basé sur des exercices théoriques et pratiques au moyen du logiciel SAMBA qui implémente ces méthodes.

Le second objectif de ces journées sera d’apporter un complément d’information sur des cas concrets d’analyse de diversité au moyen d’exposés d’experts du domaine.

Le troisième est de proposer des moments d'échanges conviviaux entre les participants et les intervenants lors d'une session de questions/réponses.

Dates et lieu

  • Du  05 au 09 décembre 2022
  • Station Biologique de Roscoff
    • Salle de formation : no 3, Hôtel de France (CNRS), rue Edouard Corbière (plan).
    • Restauration sur place à Roscoff.

Programme

Programme définitif à venir

  • La formation à l'analyse de données metabarcoding (via SAMBA) sera assurée par les équipes du SeBiMER (Ifremer) et de la plateforme ABiMS (Station Biologique de Roscoff).
  • Une place importante est laissée à la pratique avec une alternance constante avec des parties plus théorique:
    • Sessions autour de l'analyse bioinformatique (théorie et pratique) et de l'analyse biostatistique
    • Une session autour des analyses biostatistiques avancées en metabarcoding
    • Le vendredi matin sera consacré à une session libre d'analyse soit sur vos données soit sur des jeux de données tests.
  • Différents exposés autour du metabarcoding seront assurés au cours de la formation :
    • Liste des orateurs et oratrices à venir

Accès aux cours et tutoriels

Les liens vers les différents tutoriels et cours seront disponibles dans cette section durant la formation

Public visé

Doctorant.e.s, ITA, chercheur.e.s, enseignant.e.s et ingénieur.e.s impliqués dans des projets concrets d’analyse de données de metabarcoding.

Pré-requis

Pour des raisons pratiques et techniques, l'utilisation de SAMBA se déroulera en ligne de commande.

L'usage de SAMBA en ligne de commande est assez simple. Toutefois, pour accompagner les participants.es à la prise en main de la ligne de commande, nous vous proposons deux ateliers. Le premier, optionnel, consisterait à suivre une auto-formation en ligne sur le site DataCamp : Introduction to shell. Le second aura lieu pendant la formation metabarcoding : le lundi après-midi proposera un TP complet à la prise en main de la ligne de commande sur la plateforme ABiMS.

Organisateurs

  • Cyril Noël (Service de Bioinformatique - SeBiMER,  Ifremer, Brest)
  • Patrick Durand (Service de Bioinformatique - SeBiMER, Ifremer, Brest)
  • Erwan Corre (Plateforme ABiMS, CNRS-Sorbonne Université, Roscoff)

Nombre de participants attendus

23 participants.

Etant donné le nombre limité de places pour cette formation, une sélection des participants sera réalisée dans le cas où nous aurions reçu plus de 23 candidatures.

Frais d'inscription

600€ HT (tarif unique)

Ces frais d'inscription comprennent les nuitées (petits-déjeuner inclus) ainsi que les déjeuners et diners qui seront pris au restaurant Gulf Stream à Roscoff.

Inscription

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