Formation metabarcoding 2020

Contexte

Le séquençage à haut débit des amplicons de marqueurs taxonomiques tels l’ADN ribosomique, les gènes COI/COX ou les ITS a ouvert de nouveaux horizons dans l'étude des communautés de macro et micro-organismes.

Le but de cette formation est, d’une part, d’introduire les concepts clés liés aux analyses de metabarcoding et de les illustrer au moyen de cas concrets d’analyse et, d’autre part, de former les utilisateurs aux traitements de données de metabarcoding au travers de l’usage du logiciel SAMBA.

Objectifs

Le principal objectif est d’initier les participants à l'usage des méthodes bioinformatiques et statistiques pour analyser les données de séquençage à haut débit de metabarcoding. Le cours sera basé sur des exercices théoriques et pratiques au moyen du logiciel SAMBA qui implémente ces méthodes.

Le second objectif de ces journées sera d’apporter un complément d’information sur des cas concrets d’analyse de diversité au moyen d’exposés d’experts du domaine.

Le troisième est de proposer des moments d'échanges conviviaux entre les participants et les intervenants lors d'une session de questions/réponses.

Dates et lieu

  • Du 7 au 11 décembre 2020
  • Cette édition 2020 se déroulera exceptionnellement en visioconférence suite à l'évolution des restrictions liées à l'infection Covid-19.

NOTE IMPORTANTE: nous utiliserons le système de visio Webex. Avant la formation, nous vous invitons à tester ce système à partir de votre ordinateur en suivant ce lien: https://www.webex.com/test-meeting.html

Programme

  • La formation SAMBA sera assurée par les équipes du SeBiMER (IFREMER) et de la plateforme ABiMS (Station Biologique de Roscoff).
  • Différents tutoriaux et exposés autour du metabarcoding seront assurés par :
    • Pr. Didier Bouchon (Laboratoire Ecologie et Biologie des Interactions, équipe Ecologie Evolution Symbiose, Université de Poitiers)
    • Dr. François Rigal (Institut des sciences analytiques et de physico-chimie pour l’environnement et les matériaux, Université de Pau et des Pays de l'Adour) : analyses des règles d’assemblage des communautés (filtres environnementaux, species pool, modèles nuls…)
    • Dr. Nicolas Chomerat (Laboratoire Environnement Ressources de Bretagne Occidentale) : Utilisation de la technologie Oxford Nanopore en Metabarcoding

Public visé

Doctorants, ITA, chercheurs, enseignants et ingénieurs impliqués dans des projets concrets d’analyse de données de metabarcoding.

Pré-requis

Pour des raisons pratiques et techniques, l'utilisation de SAMBA se déroulera en ligne de commande.

L'usage de SAMBA en ligne de commande est assez simple. Toutefois, pour accompagner les participants.es à la prise en main de la ligne de commande, nous vous proposons deux ateliers. Le premier, optionnel, consisterait à suivre une auto-formation en ligne sur le site DataCamp : Introduction to shell. Le second aura lieu pendant la formation metabarcoding : le lundi après-midi proposera un TP complet à la prise en main de la ligne de commande sur la plateforme ABiMS.

Nous utiliserons le système de visio Webex. Avant la formation, nous vous invitons à tester ce système à partir de votre ordinateur en suivant ce lien: https://www.webex.com/test-meeting.html

Organisateurs

  • Laure Quintric (Service de Bioinformatique, IFREMER, Brest)
  • Cyril Noël (Service de Bioinformatique, IFREMER, Brest)
  • Patrick Durand (Service de Bioinformatique, IFREMER, Brest)
  • Erwan Corre (Plateforme ABiMS, CNRS-Sorbonne Université, Roscoff)

Inscription

Inscriptions closes.