Formation metabarcoding 2020

Contexte

Le séquençage à haut débit des amplicons de marqueurs taxonomiques tels l’ADN ribosomique, les gènes COI/COX ou les ITS a ouvert de nouveaux horizons dans l'étude des communautés de macro et micro-organismes.

 Le but de cette formation est, d’une part, d’introduire les concepts clés liés aux analyses de metabarcoding et de les illustrer au moyen de cas concrets d’analyse et, d’autre part, de former les utilisateurs aux traitements de données de metabarcoding au travers de l’usage du logiciel SAMBA dans le portail web Galaxy (et éventuellement en ligne de commande).

Objectifs

Le principal objectif est d’initier les participants à la pratique de l’outil SAMBA utilisé pour analyser les données de séquençage à haut débit de metabarcoding. Le cours sera basé sur des exercices théoriques et pratiques.

Le second objectif de ces journées sera d’apporter un complément d’information sur des cas concrets d’analyse de diversité au moyen d’exposés d’experts du domaine.

Le troisième est de proposer des moments d'échanges conviviaux entre les participants et les intervenants autour des repas du midi et du soir inclus dans cette formation.

Dates et lieu

  • Du 7 au 11 décembre 2020
  • Station Biologique de Roscoff
    • Salle de formation : no 3, Hôtel de France (CNRS), rue Edouard Corbière (plan).
    • Restaurant : le Gulf Stream (CNRS), rue Marquise de Kergariou (plan).

Programme (en cours)

  • La formation SAMBA sera assurée par les équipes du SeBiMER (IFREMER) et de la plateforme ABiMS (Station Biologique de Roscoff).
  • Différents tutoriaux et exposés autour du metabarcoding seront assurés par :
    • Pr. Didier Bouchon (Laboratoire Ecologie et Biologie des Interactions, équipe Ecologie Evolution Symbiose, Université de Poitiers)
    • Dr. François Rigal (Institut des sciences analytiques et de physico-chimie pour l’environnement et les matériaux, Université de Pau et des Pays de l'Adour) : analyses des règles d’assemblage (filtres environnementales , species pool, modèles nuls…)
    • Autres intervenants (programme en cours)

Public visé

Doctorants, ITA, chercheurs, enseignants et ingénieurs impliqués dans des projets concrets d’analyse de données de metabarcoding.

Pré-requis

Avoir une connaissance de l'environnement Galaxy et un projet d'analyse de données de metabarcoding.

Venir avec son ordinateur portable.

Nombre de participants attendus

23 participants.

Etant donné le nombre limité de places pour cette formation, une sélection des participants sera réalisée dans le cas où nous aurions reçu plus de 23 candidatures.

Frais d'inscription

600€ HT (tarif unique)

Ces frais d'inscription comprennent les déjeuners et diners qui seront pris au restaurant Gulf Stream à Roscoff.

Organisateurs

  • Laure Quintric (Service de Bioinformatique, IFREMER, Brest)
  • Cyril Noël (Service de Bioinformatique, IFREMER, Brest)
  • Patrick Durand (Service de Bioinformatique, IFREMER, Brest)
  • Erwan Corre (Plateforme ABiMS, CNRS-Sorbonne Université, Roscoff)

Note : Les organisateurs s'offrent le droit de modifier les conditions d'accès à la formation en fonction de l'évolution des restrictions liées à l'infection Covid-19 lors de la tenue de la formation.

Inscription

Merci de remplir le formulaire d'inscription avant le 31/08/2020.