Soutenance de Thèse de Stéphane L'HARIDON

Etude de la diversité microbienne des bassins profonds anoxiques hypersalés de la Mer Méditerranée

Venez nombreux assister à la soutenance de thèse de Stéphane L'HARIDON. Rendez-vous à l'amphi A de l'IUEM à 14 h.

RESUME

Depuis 1983, l’existence de bassins hypersalés profonds anoxiques (DHABs Deep Hypersaline Anoxic Basin) dans la Méditerranée orientale a été révélée. Ces bassins qui représentent un environnement extrême (anoxie, hypersalé, pression hydrostatique, absence de lumière)  font l’objet de nombreuses études microbiologiques qui se sont intensifiées depuis une quinzaine d’années. Les approches moléculaires ont révélé l’existence de communautés microbiennes actives mais encore incultivées (ex : lignées MSBL, Mediteranean Sea Brine Lake) dans ces DHABS, avec notamment des métabolismes microbiens tels que la méthanogénèse et la sulfato-réduction. A ce jour, aucun représentant cultivé affilié à ces groupes d’incultivés ou réalisant les deux processus microbiens cités n’ont été caractérisé.

Les objectifs majeurs de ce travail de thèse portaient sur l’identification des principaux groupes métaboliques microbiens et particulièrement les acteurs microbiens impliqués dans les processus dominants de méthanogénèse et de sulfato-réduction. Les approches culturales ont conduit à l’isolement de 3 souches de méthanogènes halophiles modérées de trois bassins (Thetis, Kryos, Tyro) affiliées phylogénétiquement au genre Methanohalophilus. Une caractérisation chimio-taxonomique et génomique de ces souches a été menée. Les résultats ont démontré la capacité des souches isolées à se développer dans les conditions in situ (température, salinité et pression). L’analyse des génomes des souches des bassins hypersalés (milieux profonds vs milieux de surface) a révélé d’une part une réduction de 10% de la taille des génomes des souches isolées du milieu profond et d’autre part indique une adaptation des souches aux conditions in situ. L’isolement de microorganismes appartenant notamment  au genre Marinobacter, Halomomas et Halanaerobium permet de proposer un modèle d’interaction syntrophique conduisant à la production des composés méthylés nécessaires aux souches du genre Methanohalophilus pour la réaction de méthanogénèse méthylotrophe dans ces bassins. Un nouveau genre bactérien proche de séquences issues des DHABS et appartenant au phylum des Bacteroidetes a été isolé et est maintenu en culture stable. Ce microorganisme très difficile à cultiver représente le premier isolat appartenant à un des groupes d’incultivés mis en évidence dans les DHABs.