Étude des interactions entre mollusques bivalves marins et OsHV-1 par une approche de génomique globale et fonctionnelle

Sandy PICOT - octobre 2015

Direction de thèse : Dr. Isabelle Arzul, Cadre de recherche, Ifremer LGPMM et Dr. Tristan Renault (Co-Directeur), Ifremer RBE

Responsable Scientifique : Dr. Benjamin Morga, Ifremer LGPMM

Financement : Ifremer/Région Poitou-Charentes

Université de La Rochelle, École doctorale Gay Lussac, Sciences pour l'Environnement

Résumé de thèse

La publication en 2012 du génome complet de l'huître creuse, Crassostrea gigas, ainsi que des données génomiques obtenues au laboratoire LGPMM (Ifremer, La Tremblade) ont ouvert de nouvelles possibilités pour étudier l'immunité innée chez cette espèce. Une comparaison entre les génomes de l'homme et de cette espèce d’huître a montré que de nombreuses protéines sont conservées entre les deux espèces, en particulier les protéines impliquées dans l'autophagie.

L’autophagie est un processus cellulaire de dégradation de matériel intracellulaire. Initialement, l’autophagie a été considérée comme un simple processus de dégradation, mais des études récentes ont démontré un rôle de cette voie lors d’infections virales chez l’homme et différentes espèces animales. Les récents travaux menés au sein du LGPMM ont permis de détecter dans le génome de l’huître creuse des gènes impliqués dans l'autophagie (ATG1, ATG8). Ces travaux ont également permis de montrer que l'autophagie pouvait avoir un rôle protecteur chez l’huître creuse vis à vis de l’infection à OsHV-1, mais également de l’infection à Vibrio aestuarianus. Enfin, des premiers essais ont permis de montrer qu’il existait un lien entre jeûne, autophagie et sensibilité à l’infection à OsHV-1. Il est bien connu que le jeûne est un fort stimulant de l'autophagie. Dans ce contexte, l’ensemble de ces résultats permet aujourd’hui d’envisager de poursuivre dans l’étude de cette voie ainsi que d’autres mécanismes de défense au travers d’une approche de génomique fonctionnelle. De plus, les récentes avancées sur la caractérisation de la réplication du virus au sein de son hôte ouvrent de nouvelles perspectives, sur l’étude de la cinétique d’expression des gènes viraux au sein de son hôte.

Les objectifs de ce travail de thèse seront de

  1. caractériser la voie de l’autophagie chez les bivalves par une approche de génomique globale et fonctionnelle, chez différentes familles d’huître creuse et chez différentes espèces de mollusques (moules et huître plate),
  2. préciser l’effet du jeûne dans le développement de l’infection virale chez l’huître creuse en lien avec l’autophagie,
  3. étudier les interactions entre le virus et l'huître creuse au travers de la modulation de l'expression de gènes viraux par ARN interférence.