Protocole global

Contexte et objectifs

Le réseau a récemment évolué afin d'améliorer la lisibilité de ses objectifs d'une part, et d'augmenter sa plus-value scientifique via l'aide à la décision des services de l’État d'autre part. Pour ce faire, le réseau RESCO est devenu RESCO II depuis 2015, et vise à détecter précocement les infections dues à des organismes pathogènes présents et/ou émergents affectant les huîtres creuses Crassostrea gigas et pouvant engendrer des épisodes de mortalité.

Plus précisément, le réseau RESCO II propose une surveillance planifiée reposant sur la recherche active et régulière de données acquises par des actions programmées à l’avance. Cette dernière s’appuie sur le suivi et l’enregistrement réguliers d’indicateurs zootechniques, sanitaires ou environnementaux

Il a ainsi été proposé d’utiliser la structure et le fonctionnement de l’ancien réseau RESCO afin d’appliquer cette surveillance planifiée sur les huîtres creuses. Les lots sentinelles utilisés par le réseau, représentant 3 classes d’âge (« 6 mois », « 18 mois » conservés de l’année précédente et « 30 mois » conservés de l’année précédente) et sont issus du Naissain Standardisé Ifremer (NSI). Ces lots sentinelles sont suivis régulièrement (fréquence bi-mensuelle à mensuelle) tout au long de l’année sur 12 sites ateliers nationaux (correspondant aux sites anciennement RESCO). Lors de chaque passage, des dénombrements sont effectués afin d’évaluer le taux de mortalité, et différents types d’analyses diagnostiques de laboratoire sont réalisés. Enfin, chaque site a été équipé de sonde permettant l’acquisition de paramètres environnementaux à haute fréquence.

Les sites-ateliers

L'acquisition des données biologiques et environnementales s’effectue sur 12 sites-ateliers (voir carte des sites) répartis le long des 3 façades maritimes françaises, dans les principaux bassins producteurs d'huîtres creuses. Parmi eux, un site est non découvrant : le site de "Marseillan est" sur l'étang de Thau.

Les sites ateliers ont été choisis selon leur représentativité au niveau national, établie sur la base de paramètres (reproduction, recrutement, croissance et survie) intégrés de manière pondérée en fonction des secteurs géographiques. Le choix de ces sites prend également en compte la volonté de maintenir les séries historiques acquises dans le cadre du réseau Remora, et de la disponibilité des données des réseaux de surveillance de l'environnement.

Les lots sentinelles

Le support conchylicole actuellement utilisé sur l'ensemble des sites-ateliers est un matériel biologique standardisé, reproductible et testé sur la base d’une épreuve thermique. L’utilisation de ce matériel baptisé Naissain Standardisé Ifremer (NSI), issu d’un large pool de géniteurs réutilisé chaque année, et n’ayant jamais eu de contact avec les organismes pathogènes présents in situ avant le début des suivis, permet d’évaluer la capacité des écosystèmes à contaminer ces animaux considérés comme des sentinelles de l’environnement. De plus, la production annuelle standardisée de ce matériel biologique permet de fiabiliser les comparaisons inter-annuelles en terme de croissance, d’indice de condition, de reproduction mais aussi de mortalité afin de suivre l’évolution progressive de la qualité des écosystèmes exploités.

Depuis 2014, le lot de Naissain Standardisé Ifremer (NSI), produit de façon standardisé chaque année, est déployé sur l'ensemble des sites au cours du mois de mars. Les anciens lots d'huîtres des classes d'âge "naissains" et "juvéniles" sont conservés sur chaque site, en année N+1 puis N+2.

Ainsi, sur les différents sites ateliers, les lots de référence d’huîtres creuses Crassostrea gigas sont constitués de 3 classes d'âge issues d'une même cohorte, à savoir :

  • un lot d'huîtres naissain : lot "6 mois" (NSI)
  • un lot d'huîtres juvénile : lot "18 mois" (ex NSI)
  • un lot d'huîtres adultes : lot "30 mois" (ex ex NSI)

Le suivi de ces lots est réalisé par les Laboratoires côtiers Environnementaux Ressources d’Ifremer, en collaboration avec les Laboratoires Thématiques de Recherche (Site expérimental d'Argenton, station de Bouin), selon une fréquence minimale compatible avec la mise en évidence d'éventuelles anomalies biologiques (a minima mensuelle, puis bimensuelle au cours des périodes à risque définies sur chaque site).

Les paramètres mesurés

Lors de chaque passage sur les différents sites-ateliers, plusieurs variables sont mesurées :

  • la mortalité : les individus morts et les individus vivants sont dénombrés lors de chaque visite. Ceci permet d'estimer le taux de mortalité instantanée et le taux de mortalité cumulée.
  • la croissance : le poids moyen des lots de chaque classe d'âge est estimé lors de chaque visite par le rapport du poids total de la poche divisé par le nombre d'individus qu'elle contient.
  • les paramètres environnementaux : la température et la salinité de chaque site atelier sont mesurées à haute fréquence via des sondes d'acquisition positionnées au sein même des poches de suivi.
  • les agents infectieux : au temps initial, les nouveaux lots de naissain subissent des analyses spécifiques par PCR afin de rechercher les agents infectieux potentiellement présents (OsHV-1 et Vibrio aestuarianus) mais aussi des analyses non spécifiques (histologie et bactériologie classique) pour la détection éventuelle d’autres agents pathogènes. Ensuite, pour la détection de maladies présentes / émergentes, les premiers lots moribonds détectés pour chaque classe d’âge, pour chaque site, subissent des analyses diagnostiques de laboratoire spécifiques (PCR OsHV-1 et Vibrio aestuarianus) pour détecter des maladies déjà présentes, mais aussi des analyses non spécifiques (histologie) afin de déceler le plus précocement possible d’éventuelles maladies émergentes sur ces lots sentinelles.

Les mesures environnementales

Sur le plan environnemental, chaque site atelier est instrumenté à l’aide de sondes d’acquisition de mesures à haute fréquence, permettant la récupération en temps réel des paramètres physico-chimiques, tels que la température et la salinité.

Sur la plupart des sites-ateliers, les données temps réel de température et de salinité seront fournies progressivement sur chaque site atelier par un flotteur de type Smatch (NKE technologie). Pour consulter les bouées opérationnelles actuellement, consultez le site web des" Smatchs Conchylicoles".

Une description des caractéristiques du phytoplancton est aussi menée grâce aux suivis opérés par le réseau Rephy, ainsi qu’une analyse macro-environnementale des masses d’eau de chaque site en liaison avec Previmer.

Attendus de ce réseau

Le RESCO II, en pleine évolution, a désormais pour vocation la surveillance planifiée des organismes pathogènes de l'huître creuse Crassostrea gigas. Pour ce faire, le suivi des performances conhylicoles est réalisé à l'échelle nationale en lien avec des analyses de détection d'agents pathogènes présents ou émergents selon un calendrier spécifique. Parallèlement à ces suivis, des réseaux d’observation à finalité régionale peuvent se greffer, pour répondre à des spécificités et demandes locales.
Les données acquises au sein de cet observatoire conservent également leur vocation, au-delà de l’information en temps réel de l’évolution des performances conchylicoles en lien avec l’environnement d’élevage, d’alimenter des bases de données, de participer à la compréhension des phénomènes observées et à l'obtention d'indicateurs zoo-sanitaires.