Cette liste indique la répartition géographie des principales coopérations scientifiques de l'institut. L'Ifremer collabore également avec les Pôles de Recherche et d’Enseignement Supérieur (PRES) compétents dans son domaine.
- Pôle de compétitivité filière produits aquatiques
- Habitats : Université littorale (GdR) et Université Caen
- Halieutique : GIS granulats / Université Rouen
- Produits aquatiques : AFSSA, ULCO, CEVPM (UMT)
- Économie maritime : UBO (UMR)
- Océanographie Opérationnelle : SHOM, Paris 6, IRD, CNES, Météo-France
- Océanographie physique : UBO, CNRS, IRD (UMR)
- Cartographie / biodiversité : GIS Europôle Mer *
- Écosystèmes profonds : UBO, CNRS, Paris 6 (UMR)
- Instrumentation : GIS Europôle Mer*
- Acoustique-sismique : SHOM, CNRS, ENSIETA
- Biocapteurs : CEA, Universités Toulouse, Louvain et Rennes 1, INSA
- Géosciences Marines : IPG, CNRS, U. de Nice, UBO
- Écophysiologie Reproduction : Universités de Caen et de Bordeaux, INRA (UMR)
- Collection, patrimoine : BNF, SHOM
- Microbiologie : INSERM, ENV (Conv.)
- Biogéchimie : Universités Bordeaux et Nantes (GdR)
- Halieutique : Agrocampus Rennes (Conv.)
- Pathologie aquacole : INRA, AFSSA
- Bioconversion : Université Nantes, ENITIAA, Université La Rochelle, UBO (GdR)
- Sécurité sanitaire : Université Nantes, AFSSA, ENV, ENITIAA
- Océanologie : GIS Oceanomed (CNRS-Universités PACA et Paris 6)
- Immunologie : CNRS, Université Montpellier
- Génétique : INRA, CNRS (GdR)
- Halieutique : IRD, Université Montpellier
CEFAS, NOCS (Royaume-Uni) ; GEOMAR, AWI (Allemagne) ; IEO, CSIC (Espagne) ; IMR (Norvège)
- Réseau des OSU (CNRS/Paris 6) à Villefranche, Banyuls, Arcachon, Nantes, Brest, Roscoff, Wimereux.
- MNHN à Dinard, Concarneau (et DOM)
- Pôle océanographique Aquitain : Arcachon
- Universités de Montpellier, de La Rochelle et de Corte.
- Agence des Aires Marines Protégées (Brest, Toulon, Boulogne).