Equipe de recherche

Pascal Lorance

Ecologie et Modèle pour l’Halieutique - IFREMER - Nantes

Chercheur

Coordinateur du projet

Le rôle du coordinateur est de permettre à l'équipe de lever les uns après les autres les défis et difficultés que rencontre le projet GenoPopTaille. Le projet s'est principalement confrontés aux quatre obstacles suivants :

1. Trouver suffisamment de marqueurs génétiques dans le génome de la raie bouclée, l'étude de génomique engagée dès le début du projet en dans sa phase finale en 2017 et ce défi est atteint. Ce succès n'aurait pas été possible sans la mobilisation d'un réseau de scientifiques qui ont fourni des échantillons de la mer celtique à la Méditerranée.

2. Rassembler plusieurs milliers de prélèvements génétiques de raies bouclées du Golfe de Gascogne. A mi-2017, ce défi est en passe d'être atteint grâce à la contribution de pêcheurs, de criées et d'autres acteurs ainsi qu'à la réalisation de campagne à la mer.

3. Mener à bien les analyses de parenté et l'estimation de l'abondance dans un contexte ou l'avancement des méthodes génétiques et statistiques a progressé depuis le début du projet et implique de mener les analyses avec des moyens qui n'existaient pas de la rédaction du projet.

4. La composante GenoPopTaille-Capsules se heurte au défi spécifique de la qualité de l'ADN contenu dans ces capsules.

Verena Trenkel

Ecologie et Modèle pour l’Halieutique - IFREMER - Nantes

Chercheuse

Coordinatrice de l’analyse statistique

L’utilisation de données génétiques avance à grand pas dans le domaine de l’halieutique qui classiquement s’appuyait plutôt sur les données issues des débarquements commerciaux des pêcheries et les campagnes scientifiques. Leur utilisation dans le projet GenoPopTaille implique l’apprentissage et la maîtrise d’un nouveau type de données qui code le génotype des individus pour les marqueurs choisis, ainsi que  l’adaptation de méthodes statistiques pour ce type de données. Par contre l’estimation de l’abondance absolue repose sur l’ajustement d’un modèle de dynamique de population assez classique, avec une partie innovante dans le modèle d’observation qui prend en compte le processus d’observation des données génétiques (nombre de couples parents-descendants ou demi-sœur/demi-frère observé).  Chaque volet du projet nécessite l’utilisation de méthodes d’analyse statistiques adaptées.

Grégory Charrier

LEMAR - IUEM - Brest

Sabrina Le Cam

LEMAR - IUEM - Brest

Génétique et Pathologie des Mollusques Marins - IFREMER - La Tremblade

Post-Doctorante (2015-2017)

Etude de la diversité génétique de la raie bouclée et développement de marqueurs génétiques pour l’estimation de la taille absolue de population

Le projet GenoPopTaille a pour objectif de tester une nouvelle méthode pour estimer la taille de la population de raies bouclées dans le Golfe de Gascogne.

Une première étape du projet consiste à développer de nouveaux marqueurs génétiques spécifiques de l’espèce et à définir, à l’aide de ces marqueurs, la structure de la population à l’échelle de son aire de répartition. Les marqueurs serviront dans une seconde étape pour estimer la taille de la population.

La technique de séquençage RAD (Restriction sites Associated DNA) a été choisie pour développer des marqueurs SNP. Cette technique consiste, par des méthodes de digestion enzymatique, à séquencer une partie du génome chez un grand nombre d’individus, afin d’y détecter de la variation (i.e. polymorphisme génétique), c'est-à-dire des sites où les bases de la double hélice d'ADN ne sont pas les mêmes chez tous les individus.

L’analyse de la distribution de ce polymorphisme permet ensuite de définir, s’ils existent, des groupes d’individus se reproduisant ensemble (populations) et d’étudier les facteurs qui limitent les contacts entre individus (distance, habitats favorables à la reproduction, barrière physique). L’idée est de chercher si les individus observés dans différentes régions marines forment une seule grande entité génétiquement homogène ou, comme le suggère le comportement relativement sédentaire de la raie bouclée, s’ils se répartissent en plusieurs populations.

Pour cette étude, des prélèvements ont été réalisés sur plus de 800 raies bouclées. Il s’agit de prélèvements de petits morceaux de nageoires caudales (non létaux) conservés dans l’alcool, qui proviennent pour la plupart d’individus pêchés lors de campagnes scientifiques. Ils sont issus de 13 secteurs géographiques ce qui couvre la majeure partie de l’aire de répartition de la raie bouclée.

Gérard Biais

Halieutique Gascogne Sud - IFREMER - Nantes

Chercheur

Adeline Bidault

LEMAR - IUEM - Brest

Florence Cornette

Génétique et Pathologie des Mollusques Marins - IFREMER - La Tremblade

Jean Laroche

LEMAR - IUEM - Brest

Eric Stephan

Association Pour l’Etude et la Conservation des Sélaciens

Sylvie Lapègue

Génétique et Pathologie des Mollusques Marins - IFREMER - La Tremblade

Chercheuse

Florianne Marandel

Ecologie et Modèle pour l’Halieutique - IFREMER - Nantes

Evaluation de l’état des populations de raie bouclée pour leur conservation

Dans le cadre de GenoPopTaille, la thèse de Florianne Marandel est dédiée à l'étude de la taille efficace  de populations  identifiées sur la base de données génétiques.

La taille efficace d’une population correspond au nombre de géniteurs participant réellement à la prochaine génération, génétiquement parlant. Cette notion renseigne ainsi sur l’état d’un stock mais aussi sur sa santé génétique et sa pérennité. Les objectifs de gestion liés à la notion d’effectif efficace sont multiples comme par exemple la préservation d’une haute variabilité génétique ou encore la définition d’une taille efficace minimum afin de conserver la capacité d’adaptation d’une espèce face à des changements environnementaux.

Les méthodes disponibles pour estimer la taille efficace d’une population sont nombreuses et dépendantes de leurs hypothèses. Par exemple, elles supposent généralement une absence de migration au sein de la population étudiée. L’un de premiers objectifs de la thèse est ainsi d’étudier les différents estimateurs possibles de la taille efficace et de les confronter aux différentes hypothèses sous-jacentes. Cette partie permettra d’étudier les biais possibles des estimateurs et de sélectionner l’estimateur le plus adapté à la raie bouclée.

Suite aux analyses de connectivités réalisées parallèlement à la thèse, l’estimateur sélectionné précédemment sera appliqué aux populations définies afin d’estimer leur taille efficace. Ces estimations seront ensuite confrontées à l’effectif absolu des géniteurs (population de dénombrement) estimé par les méthodes de GenoPopTaille pour le golfe de Gascogne.

De plus, les estimations d’abondance génétique réalisées seront confrontées aux estimations d’abondances obtenues en utilisant les débarquements et indices de biomasses observés lors de campagne scientifique. Les biais et précisions des deux types d’évaluations seront notamment discutés.