DYVA stage

Stagiaire : Perrine Mandon, étudiante M2, Université de Paris VI

 

Titre du stage : Biodiversité des nématodes et des bactéries associées dans les sources hydrothermales profondes

 

Maîtres de stage : Daniela Zeppilli et Marie-Anne Cambon-Bonavita

 

Lieu du stage : Institut Carnot Ifremer EDROME, Centre de Bretagne, REM/Unité de Recherche Etude des Ecosystèmes Profonds/LEP et LMEE, F-29280 Plouzané, France

 

Description et objectifs scientifiques du stage

Les nématodes sont présents dans tous les habitats de la planète. Ils peuvent être présents sous forme de parasites (des plantes et des animaux, y compris les humains), et aussi sous forme libres. Parmi les nématodes des formes libres, Caenorhabditis elegans est l'un des organismes modèles en biologie moléculaire et génétique ; ce fut d’ailleurs le premier génome métazoaire entièrement séquencé. Les procaryotes et les nématodes coexistent strictement dans les écosystèmes terrestres et marins. Les deux groupes s'influencent mutuellement, à la fois positivement et négativement (alimentaire, symbiotique et pathogène). Les nématodes stimulent les communautés bactériennes et la minéralisation de l'azote par leur effet bactérivore. Plusieurs recherches existent sur l'écologie des interactions entre les nématodes terrestres et marins (côtiers) et les procaryotes, mais seulement une étude témoigne de la présence d’une symbiose chez des nématodes en milieu marin profond. A notre connaissance, il n’existe aucune étude sur relations entre les nématodes et les procaryotes dans les sources hydrothermales profondes où des relations vitales entre procaryotes et eucaryotes sont identifiées (i.e. symbioses chez le ver Riftia pachyptila, chez la crevette Rimicaris exoculata, chez le bivalve Bathymodiolus azoricus). L’objectif du stage est d’identifier la relation entre bactéries/archées et nématodes. Les nématodes ont été échantillonnés au sein de trois champs hydrothermaux différents de la dorsale médio-Atlantique : Menez Gwen (-850m), Lucky Strike (-1700m) et Rainbow (-2300) au cours de la campagne BioBaz (R/V Pourquoi Pas ?, 02-23/08/2013) avec le ROV Victor6000. Les nématodes ont été conditionnés pour les analyses de biodiversité classiques et moléculaires. Pendant le stage, chaque espèce de nématodes sera décrite en se basant sur sa morphologie (c.- clé taxonomique) et avec des outils moléculaires (c.- barcoding) dans les laboratoires du LEP. Un ensemble d'échantillons de nématodes a été immédiatement congelé à -80 °C pour les approches moléculaires. L'ADN procaryotes sera co-extrait avec l’ADN eucaryote. L’ADNr 16S sera amplifié par PCR avec les amorces universelles Bacteria et puis séquencé. D'autres échantillons ont été conditionnés dans le Glutaraldéhyde 2,5% pour la microscopie électronique à  balayage (MEB), et dans le formol à 3% pour le FISH (hybridation in situ à fluorescence).

 

Moyens mis à disposition de l’étudiant

Stéréomicroscope avec camera intégrée

Microscope optique avec chambre claire

Laboratoire de biologie moléculaire complet pour les PCR, clonages et hybridation in situ.

Logiciels pour le traitement des séquences

Microscope et loupe binoculaire 3D avec technologie Apotome pour le FISH