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Le laboratoire Pelagos a pour objectif l'étude de l'impact des changements d’origine anthropique sur la diversité phytoplanctonique des masses d'eau côtières, incluant les microalgues toxiques, et sur l'hydrologie littorale. Pour atteindre ces objectifs plusieurs approches telles que la taxonomie pigmentaire, la biologie moléculaire, la modélisation, la mesure hydrologique, la science participative, la télédétection ou le développement de nouveaux instruments technologiques, sont abordées.