Post docs

Vous trouverez ci-après les post doctorants travaillant sur notre programme de Dynamique et santé des écosystèmes côtiers et estuariens.

 Nabil LANAIA - Mars 2007 - Post doc sur les algues toxiques dans l’étang de Thau

Nabil Lanaia est arrivé à Sète début mars 2007 pour un postdoc financé par Ifremer et concernant la recherche d'indicateurs d'initiation et de développement des blooms d’ Alexandrium catenella dans l’étang de Thau. Les observations réalisées au cours des épisodes de bloom qui se sont produits depuis 1998 dans l’étang de Thau ont permis d’identifier la Crique de l’Angle comme l’un des foyers importants des efflorescences. Ainsi la partie est de l’étang est actuellement la plus touchée, mais il est prévisible que la partie ouest le soit également à plus ou moins long terme. A deux ou trois exceptions près, ces efflorescences se sont reproduites tous les printemps et automnes de chaque année, avec une plus forte expression à l’automne.

Un programme commun Ifremer-Université Montpellier 2 a été mis en place en juillet 2002, avec comme objectif, outre la compréhension du phénomène, l’élaboration d’un modèle numérique de simulation couplé hydrodynamique et biologique. La maille de calcul du modèle MARS3D développé sur l’étang de Thau dans le cadre du Chantier « lagunes Méditerranéennes » a été amenée à 100 m afin de rendre compte de l’hétérogénéité spatiale du phénomène précédemment observée. Les stations d’observation ont été placées sur les points de la grille de calcul du modèle.

Les observations réalisées jusqu’ici ont permis d’élaborer des hypothèses concernant les conditions environnementales favorables au démarrage et au développement des blooms. Elle mettent en évidence l’importance de la température et de la dynamique des masses d’eau dans la crique. La température est un paramètre aisément mesurable, de même si les conditions climatiques sont connues, le modèle MARS 3D calibré et validé permettra de décrire la dynamique des masses d’eau dans la crique. L’opérationnalité d’un système d’alerte passe par la capacité de décrire les phénomènes à partir de paramètres « simples », aisément et rapidement mesurables en continu et quasi temps réel.

L’objectif du travail de post-doctorat est de vérifier ces hypothèses :

  • par le traitement statistique des données acquises précédemment et au cours du stage. Il s'agira également, en interaction avec les équipes concernées de redéfinir les stratégies d'observation,
  • par la validation du modèle hydrodynamique pré-existant sur ce site dans la crique de l'Angle,
  • et de de proposer une stratégie de surveillance et de passage en alerte.

Contact : Annie.Pastoureau@ifremer.fr  

   Eva PEREZ BLANCO - Février 2007 - Post doc sur Pseudo-Nitzschia 

Le post doc a démarré en février 2007, il est axé sur la "Recherche de marqueurs et de signatures moléculaires spécifiques des espèces phytoplanctoniques de Pseudo-nitzschia productrices de toxines amnésiantes. Application sur des échantillons prélevés dans le milieu naturel" le 1er février 2007, avec un co-financement obtenu auprès de l'Agence de l'Eau LOIRE BRETAGNE.

L’objectif du sujet de recherche proposé ici est la détection et la quantification par identification moléculaire des espèces de Pseudo-nitzschia présentes dans les blooms pluri-spécifiques produisant de l’acide domoïque responsable des contaminations des coquillages.
Cette étude comprendra les aspects suivants :

  • identification taxonomique et analyse phylogénétique des différentes espèces de Pseudo-nitzschia isolées lors des efflorescences. Cette construction phylogénétique sera basée sur le séquençage des gènes codant pour les ARNs ribosomaux (3 mois),
  • recherche de séquences ADN spécifiques (sondes moléculaires) des espèces à surveiller par alignement et comparaison de séquences : gènes à évolution rapide, gènes codant pour les ARNs ribosomaux, ADN mitochondrial, banque d’EST (6 mois),
  • confirmation de la spécificité des sondes moléculaires par BLAST et de façon expérimentale par vérification de l’absence de réactions croisées avec les ADNs d’autres espèces ou genres (6 mois),
  • pré-validation de ces sondes moléculaires sur des prélèvements de terrain pour l’identification et la quantification des espèces ciblées (3 mois).

Contact : Elizabeth.Antoine@ifremer.fr  

 Peggy SARGIAN - Janvier 2007 - Post doc sur contaminants organiques

Peggy Sargian a débuté son postdoc sur la "Modélisation du comportement biogéochimique de contaminants organiques "types" en zone littorale le 8 janvier 2007 à Toulon. Une grande variété de contaminants organiques (composés de synthèse pour la plupart) entre par différentes voies dans l'environnement marin. Différents processus biologiques, chimiques et physiques vont contrôler leur devenir et leur biodisponibilité dans le milieu. Ces processus sont responsables de leur transport et "stockage" (via la sédimentation), de leur transformation (produits de dégradation) ou de leur disparition (hydrolyse, biodégradation, photodégradation…) et/ou de leurs changements de phase (volatilisation, adsorption, désorption…). La diversité des contaminants présents et des processus en jeu, ainsi que la forte variabilité spatiale et temporelle qui caractérise le milieu littoral font que la modélisation, complémentaire aux mesures et aux expérimentations, est un outil très utile permettant d'intégrer cette variabilité. La modélisation permet en effet de synthétiser les observations, de comprendre et de hiérarchiser les phénomènes, et à terme, de prévoir les effets des modifications du système sur la spéciation des contaminants et leur flux vers l’océan. Pour poursuivre la démarche engagée et disposer d'un outil qui pourrait être appliqué à des composés qui ont un comportement différent, il a été choisi d'élaborer un "cadre de modélisation" pour des contaminants organiques "types", définis en fonction de leurs caractéristiques principales : volatilité, hydrophobicité, polarité.
Les objectifs sont les suivants :

  • contribuer à développer un cadre de modélisation pour des contaminants organiques "type" à partir de la mise en équation des différents processus pouvant contrôler leur devenir en milieu aquatique,
  • tester l'outil et faire des analyses de sensibilité pour mieux évaluer les processus déterminants et les paramètres correspondants en fonction des conditions du milieu,
  • appliquer cette même démarche en utilisant le couplage du modèle chimique avec SiAM-3D et avec MARS-3D dans des conditions du milieu et des échelles de temps différentes (conditions estuariennes, région côtière méditerranéenne, panache du Rhône et golfe du Lion),
  • en tirer des axes d’étude, en terme de formalisation des processus, de connaissances à acquérir, de données à intégrer tant sur les contaminants que sur la qualité de l’eau (COP, température, MES, etc..),
  • initier une base de données regroupant les caractéristiques physico-chimiques des contaminants, nécessaires à la modélisation de ces processus,
  • tester si possible le modèle pour un certain nombre de contaminants pour lesquels des mesures (concentrations dissoutes et particulaires) sont disponibles (par exemple en conditions estuariennes), et ceci en s'appuyant sur les données expérimentales déjà acquises concernant les propriétés de sorption de particules issues des estuaires de la Seine, de la Loire et de la Gironde.

Contact : Jean.Louis.Gonzalez@ifremer.fr