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Taxonomie et écologie du zooplancton

Le pôle Taxonomie et Écologie du Zooplancton assure, sur la façade Manche, le suivi des communautés planctoniques et la surveillance écologique du milieu et recense les événements, tel que l’introduction d’espèces « exotiques » dans les ports (eaux de ballast). Le pôle s’est équipé de deux ZooScans, un nouvel outil d’analyse d’image pour l’identification automatisée du zooplancton et de l’ichtyoplancton. Cet outil permet une meilleure exploitation des échantillons (identification, abondance et biomasse). Il réduit le temps d’analyse et offre une meilleure résolution spatio-temporelle des modèles. Il permet également la sauvegarde numérique des collections, ce qui facilite les échanges d’expertise taxonomique.

Le pôle s’organise autour de deux axes de recherche :
- la diversité et la structuration spatiale de la communauté zooplanctonique en relation avec l’environnement trophique et écologique sous l’influence des facteurs climatiques, hydrologiques et anthropiques ;
- le développement, la maîtrise et l’application d’outils permettant l’identification d’organismes planctoniques de façon automatisée et/ou semi-automatisée via l’acquisition et l’analyse d’images.

Le pôle zooplancton participe au projet InterReg CHARM 3 (Approche intégrée pour la gestion des ressources marines en Manche) en proposant, en collaboration avec les partenaires anglais, une cartographie des principales espèces zooplanctoniques et ichtyoplanctoniques en Manche.

Zoo 

Exemple d'organismes zooplanctoniques identifiés par le ZooScan.

Sclérochronologie

Hydrodynamique et Océano-météo

Le service Hydrodynamique et Océano-météo de Boulogne-sur-Mer et de Brest dépendent du département Essais et Recherches Technologiques (ERT). Celui de Boulogne mène des recherches sur l'hydrodynamique des engins sous-marins et des nouveaux concepts offshore. Pour cela, il dispose de moyens expérimentaux et numériques lui permettant de fournir des avis d'expert.

L'équipe de Boulogne-sur-Mer a en charge l'exploitation d'une veine d'essais à circulation d'eau et surface libre. Des techniques de mesures spécifiques à l'hydrodynamique y sont régulièrement développées et mises en oeuvre. Des essais sont réalisés pour des partenaires français ou étrangers, sous forme de projets de recherche et développement ou de prestations à caractère confidentiel.

Marine food web ecology laboratory

Research in marine food web laboratory at Ifremer Boulogne-sur-Mer focuses on the understanding of predator-prey relationships and the consequences of fish stocks modifications as response to anthropogenic activities to ecosystem food web functioning.

Work in the laboratory is done in a food web context wherein several numbers of functional groups are considered in order to describe trophic links, food web topology and functioning. Work is largely concentrated on marine fishes and invertebrates not only with commercial significance but also those organisms playing pertinent role/s in the ecosystem food web dynamics.

Trophic relations between species determine the energetic and carbon flows in food webs. Detailed knowledge on these links is crucial to understanding trophic functionings, which are important to biodiversity conservation and the bioceonosis or community stability against environmental perturbations.

This is especially true in several highly exploited marine ecosystems where we observe numerous biological communities undergo significant and rapid physiological changes, including processes impacted by human-related activities such as fisheries, biodiversity loss and climate changes.

Marine ecosystems are highly complex and dynamic systems for which comprehension of fundamental processes which underlie the structure of the trophic networks remains relatively limited. There is a significant challenge in studying marine trophic networks as knowledge on the majority of quantitative aspects of trophic links remain limited owing to the complexity of underlying processes and implementation of highly effective protocols for data collection.

 
Laboratory analyses actually effectuated include:

  • Stomach content analysis: This analysis intends to determine significant food items in the diet of a given fish species and its nutritional standing among other fishes in the community;
  • Stable Isotope analyses: Natural isotopic signatures (C and N) are identified and applied in a food web context in order to determine an organism’s diet, trophic level and subsistence;
  • Geomorphometrics: This analysis deals with the quantification of the geometry, topography and physical landmarks of fish. This geometrical study of the morphology of the individuals would constitute an ideal tool in identifying the morphological determinants existing between a predator and its prey(s). The determination of allometric relations from morphometric characteristics of its preys and of predator is an innovative tool that can be used to identify and improve knowledge on fish trophic ecology.

Stomach content and stable isotope analyses are used as complementary tools to determine and validate allometric relationships between preys and predators.

Contact: Ching VILLANUEVA, Ifremer Boulogne-sur-Mer.

CRESCO, Centre de Recherche et d'Enseignement sur les Systèmes COtiers

communiqué de presse du CRESCO 

Campagnes en mer

 IBTS, Inernational Botton Trawl Survey 

Dans le cadre du programme international IBTS, plusieurs pays participent à l'échantillonnage de la mer du Nord, au chalut de fond pour le calcul des indices d'abondance, et au filet à larve pour les calculs des indices d'abondance larvaire du hareng et du sprat. La France travaille dans le sud de la mer du Nord et depuis 2007 en Manche orientale. L'échantillonnage de la zone est réalisé en respectant un protocole établi entre les différents navires participant à ce programme La zone d'étude, divisée en rectangles de 30' de latitude sur 1° de longitude comprend la mer du Nord, le Skaggerak et le Kattegat. Ces rectangles ont cependant été regroupés en 9 zones en fonction de la distribution des espèces de poissons et pour assurer une bonne couverture de l'ensemble. Compte tenu des phénomènes de micro-dispersion, chaque rectangle est chaluté au moins deux fois par deux navires différents.

Afin de valoriser le temps passé en mer et d'intégrer la gestion des pêches dans une approche écosystémique, d'autres études sont menées en parallèle pendant les campagnes IBTS. Grâce à l'utilisation des équipements disponibles à bord du navire océanographique Thalassa et le développement de nouveaux programmes en collaboration avec d'autres équipes scientifiques, des actions ponctuelles ou des études pérennes ont été progressivement mises en place. Ainsi, outre les travaux réalisés dans le cadre du programme IBTS (chalutage de fond le jour et échantillonnage des larves la nuit), d’autres études ont été menées au cours de la campagne 2010 :
- caractérisation des zones et habitats de pontes hivernales en mer du Nord ;
- études des assemblages d’invertébrés benthiques ;
- distribution spatiale des larves en mer du Nord ;
- étude des compartiments hydrologiques, phytoplanctoniques et zooplanctoniques ;
- enregistrement des données acoustiques pour l’amélioration du calcul des indices d’abondance.

Parcours IBTS2009 

Parcours du N/O THALASSA lors de la campagne IBTS 2009.

 CGFS, Channel Ground Fish Survey 

Les objectifs de la campagne CGFS sont de collecter les données de base pour une estimation de l’état des ressources, par une évaluation directe de l’abondance des stocks et de leur distribution, associée à l’échantillonnage biologique des captures.

Liste non exhaustive des données qui sont récoltées au cours de cette campagne :

- répartition et abondance halieutique ;
- indices d’abondance par groupe d’âge des principales espèces commerciales pour les groupes de travail du CIEM ;
- estimation directe du recrutement et de ses variations ;
- connaissances sur les peuplements ichtyologiques ;
- paramètres de croissance pour les principales espèces commerciales ;
- données hydrologiques (température et salinité) ;
- localisation et estimation de l’importance des nourriceries ;
- abondance et répartition spatiale des peuplements benthiques ;
- identification des habitats des principales espèces exploités en Manche Est et sud mer du Nord.

Chaque année, au mois d'octobre, le protocole standard prévoit 85 stations de chalutage. Les stations faisant l'objet d'un suivi particulier depuis 2001(granulats marins, suivi des nourriceries) ont été intégrées au protocole, portant ainsi le nombre de traits à réaliser à 106.

Parcours CGFS2008 

Parcours du N/O GWEN DREZ lors de la campagne CGFS 2008.

 COMOR, COquille Manche ORientale 

La campagne COMOR échantillonne la Baie de Seine (limite administrative) et sa partie directement adjacente, cahque année de fin juin à début juillet. Son objectif est l'évaluation du stock de coquilles Saint-Jacques dans les secteurs les plus exploités de la Manche orientale.Chaque année, le protocole standard prévoit 160 traits de drague répartis dans les 81 unités d'échantillonnage (carré de 3 milles de côté) de d la zone étudiée.

Parcours COMOR2009 

Parcours du N/O THALIA lors de la campagne COMOR 2009

 Nourricerie baie de Somme 

La campagne "Nourricerie baie de Somme" échantillonne chaque année, à l'automne, les eaux ayant une bathymétrie inférieure à 20 mètres du nord de la baie de Somme à Dieppe. Cette campagne a plusieurs objectifs que sont le suivi de l' Impact des Grands Aménagements (IGA) EDF (centrale nucléaire de Penly), le suivi des indices de recrutement pour la sole et la plie (programme européen Young Fish Survey) et le suivi des Ecosystèmes Sensibles D'Intérêt Halieutique (programmes Ifremer associés à PNEC et LITEAU).Chaque année, le protocole standard prévoit 50 traits de chalut. La zone d'étude est divisée en 4 unités d'échantillonnage pour les poissons et en 9 unités d'échantillonnage définies selon la bathymétrie, pour les crevettes.

Nourricerie baie de Somme 

Zone d'étude de la campagne Nourricerie baie de Somme de 2000 à 2005 (gauche: stratification poisson ; droite: stratification crevette)