Lelièvre Stéphanie

Thèse de doctorat soutenue le 20 décembre 2010

Discipline: Biologie des populations et écologie - Spécialité : Écologie marine
Ecole Doctorale: VENAM (Végétal, Environnement, Nutrition, Agro-alimentaire, Mer).

Formation d’origine : Master 2 Recherche (DEA) d’Océanographie spécialité Biologie et Ecologie Marines du centre d’Océanographie de Marseille, Université de la Méditerranée -
Directeurs de thèse : Verrez-Bagnis Véronique
Responsables scientifiques : Sandrine Vaz et Véronique Verrez-Bagnis
Financement : Ifremer et région Pas de Calais

Sujet de thèse

Identification et caractérisation des frayères hivernales en Manche Orientale et la partie sud de la mer du Nord.

Mots clés : oeufs de poissons, CUFES, VET, PCR-RFLP, cyt b, 16S, ZooScan, analyse d’images, analyses géostatistiques, interpolation, modélisation d’habitat, GLM, RQ

En quelques mots

Une meilleure connaissance des frayères des principaux poissons commerciaux de la mer du Nord semble nécessaire pour leur surveillance. La composition et l’abondance des espèces d’œufs collectés par le CUFES (Continuous Underway Fish Egg Sampler) sont comparées à celles collectées par le VET (Vertical Egg Trawl) permettant de prouver son efficacité en Manche et mer du Nord. L’identification des œufs de poissons principalement basée sur des critères morphologiques n’est pas toujours fiable. En effet, certaines espèces comme la morue (Gadus morhua) et le merlan (Merlangius merlangus) ont la même gamme de taille, ainsi des méthodes alternatives ont été développées. Premièrement, une technique de biologie moléculaire par PCR-RFLP puis un nouveau système d’analyse d’images, le ZooScan, ont été développés pour identifier les œufs de poissons. Des cartes annuelles des frayères hivernales ont été réalisées et comparées entre elles afin de déterminer des zones de ponte récurrentes. Les œufs sont généralement bien distribués sur la zone d’étude, à l’exception de la zone Nord-Ouest de la mer du Nord, près des côtes écossaises. Enfin, l’habitat de ponte des poissons a été modélisé en utilisant les méthodes GLM (Generalised Linear Model ) et RQ (Regression Quantile) en fonction des paramètres environnementaux disponibles afin de prédire les frayères. Les résultats de cette étude multidisciplinaire ont permis d’améliorer les connaissances sur les frayères hivernales en Manche Orientale et sud mer du Nord et ont été discutés dans une perspective de protection et de conservation de ces zones.

Ce travail réalisé principalement au laboratoire « Ressources Halieutiques » du centre Ifremer de Boulogne sur Mer a été la première étude en collaboration entre nos deux laboratoires en ce qui concerne l’identification des œufs d’espèces marine par les techniques basées sur l’ADN. Actuellement, cette collaboration se poursuit sur des questions d’identification de larves de clupéidés et de gobies.

Situation actuelle

Cadre de recherches en contrat à durée déterminée depuis janvier 2011

Laboratoire Ressources Halieutiques
Ifremer
Boulogne sur Mer

Tél. : 03.21.99.56.74
E-mail : Stephanie.Lelièvre@ifremer.fr

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