Jaffrès Emmanuel

Thèse de doctorat soutenue le 20 mars 2009

Discipline: Physiologie et Biologie des organismes Spécialité: Microbiologie

École doctorale VENAM (Végétal Environnement Nutrition Agroalimentaire Mer),

Formation d’origine: Master II Recherche Mention Biochimie, Spécialité Biologie Cellulaire et Moléculaire, Chimie Bio-Organique. Université de La Rochelle.

Directeurs de thèse: Xavier Dousset

Responsable scientifique: Xavier Dousset, Jean-Jacques Joffraud.

Financement : Bourse IFREMER, ONIRIS

Sujet de thèse

Caractérisation moléculaire de l’écosystème microbien complexe de la crevette cuite et étude des flores d’altération

Mots clés

Crevettes décortiquées cuites, TTGE, DHPLC, Vagococcus penaei sp. nov., altération, Bt. thermosphacta, St. liquefaciens-like, Cb. maltaromaticum.

En quelques mots

Les crevettes décortiquées cuites sont des denrées considérées comme fragiles d’un point de vue microbiologique, et sensibles au processus d’altération organoleptique provoqué par le développement de certaines bactéries. Dans le but de mieux maîtriser leur conservation, la caractérisation de l’écosystème microbien de ces produits a été réalisée par le biais d’une approche polyphasique, combinant des techniques dites culture-dépendantes, qui permettent l’identification phénotypique et moléculaire d’isolats bactériens, et des méthodes culture-indépendantes avec la PCR-TTGE et la DHPLC, qui génèrent des empreintes génétiques à partir d’un mélange d’ADN bactérien extrait directement de la matrice crevette. Cette approche a permis de mettre en évidence les principaux genres et espèces de bactéries présents dans la microflore d’altération des crevettes décortiquées cuites. Les bactéries lactiques constituaient le groupe bactérien majoritaire avec les principaux genres : Carnobacterium (Cb. maltaromaticum, Cb. divergens et Cb. alterfunditum-like), Vagococcus (Vc. fluvialis et Vc. penaei sp. nov.), Enterococcus (Ec. faecalis et Ec. faecium). Au sein du genre Vagococcus, une étude de taxonomie plus approfondie a permis de mettre en évidence la nouvelle espèce Vagococcus penaei sp. nov. Deux autres groupes bactériens importants étaient retrouvés dans cet écosystème : Brochothrix thermosphacta et Serratia liquefaciens-like. Pour comprendre les mécanismes d’altération de la crevette décortiquée cuite, le potentiel d’altération de ces bactéries a été étudié en mettant en œuvre des techniques d’analyse sensorielle et d’analyse des composés volatils produits par ces bactéries, comme la chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse. Trois espèces bactériennes se sont révélées les plus actives dans l’altération de ce type de produit : Bt. thermosphacta, St. liquefaciens-like et Cb. maltaromaticum.

Situation actuelle

Post Doctorant
UMR CNRS CPBS - 5236 : Centre d’études d’agents Pathogènes et Biotechnologie pour la Santé (Montpellier).

E-mail : emmanuel.jaffres@cpbs.cnrs.fr
Tel: 06 23 19 71 74

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