Macé Sabrina

Doctorante Oniris 

Ecole doctorale VENAM
(Végétal, Environnement, Nutrition, Agroalimentaire, Mer – ED 495)

Spécialité : microbiologie


Directeur de thèse : Xavier Dousset, Oniris
Co-encadrants :  Jean-Jacques Joffraud (Ifremer),  Marie-France Pilet (Oniris)

E-mail : smace[at]ifremer.fr ou sabrina.mace[at]oniris-nantes.fr

Sujet de thèse

Caractérisation et quantification de la flore d'altération des produits de la mer.

Mots clés

Crevettes décortiquées entières cuites, saumon frais, identification, profil moléculaire, PCR-TTGE, potentiel d’altération, PCR quantitative

En quelques mots

Ce travail est focalisé sur deux produits : les crevettes entières et le saumon frais (pavés, darnes…) conditionnées sous vide ou sous atmosphère modifiée (AM) enrichie en CO2. Le CO2 modifie la biodiversité de l’écosystème de ces produits. L’objectif de cette thèse est d’identifier dans le microbiote des crevettes entières cuites et saumon cru les bactéries responsables de l’altération. Cette connaissance de la biodiversité de ces écosystèmes et de l’identification de leur rôle dans le processus d’altération pourrait être utilisée pour développer des stratégies innovantes, comme la biopréservation et ainsi diminuer les rejets de produits non-conformes avant leur DLC. Un travail d’inventaire moléculaire de la biodiversité des microbiotes bactériens des pavés de saumon et les crevettes entières tropicales sous AM a été réalisé. Ces écosystèmes ont été très peu décrits dans la littérature et les liens entre la structure de l’écosystème et le risque d’altération du produit n’est pas établi. Les techniques utilisées font appel aux méthodes de microbiologie classiques et aux techniques d’inventaire moléculaire basées sur les différences de migration électrophorétique de l’ADNr 16S microbien amplifié directement des échantillons par PCR (TTGE). Des travaux initiés aux laboratoires sur les crevettes décortiquées cuites travaux ont été déjà publiés (Jaffrès et al, 2009 et Jaffrès et al, 2010).

L’étude du potentiel d’altération c’est à dire la capacité à produire des métabolites responsables de mauvaises odeurs est évalué lors de challenges tests. Un challenge test consiste à inoculer in situ une matrice stérile (dés de saumon ou crevettes ionisés) avec chacune des espèces bactériennes isolées de produits altérés. Un suivi microbiologique, chimique (analyses de composés volatils produits par dosage et spectrométrie de masse) et organoleptique grâce au jury expert d’Ifremer sera réalisé. Dans la suite de cette thèse une approche métagénomique des flores d’altération présentent sur les crevettes décortiquées et le saumon fumé est envisagée et sera réalisée dans le cadre d’un projet financé par l’ANR (Ecobiopro). Ces études seront effectuées lors des 2 premières années de cette thèse puis dans un second temps, une méthode de quantification par PCR quantitative de certaines bactéries altérantes du saumon cru sera développée

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