Ecosystèmes Microbiens

                                                                

                                                            

Le laboratoire EM3B étudie les écosystèmes bactériens de matrices alimentaires (thon, crevettes….) ainsi que les bactéries mésophiles et aérobies isolées des écosystèmes océaniques profonds et des bactéries isolées de micro algues en culture. L'Ifremer dispose ainsi de collections de bactéries marines uniques en France et dans le monde. La traçabilité des isolats est gérée par un système de gestion de l'information (Laboratory Information Management System) et des séquençages de gène d’ARNr 16S sont régulièrement utilisés pour les vérifications.

Études phylogénétiques

Des souches bactériennes sont isolées et identifiées par des méthodes biochimiques ou moléculaires. Ces bactéries sont ainsi disponibles pour des criblages d’activités ou de métabolites. Des génomes bactériens sont également séquencés pour les études et permettent la comparaison génomique.

Comparaison génomique de quatre Vibrionaceae, (core genome) (Goudenège et al. 2014)

Connaissance globale d’écosystèmes microbiens

EM3B n’a pas pour vocation de mener des études d’écologie microbienne sur les environnements océaniques profonds, pour lesquels les travaux sont menés par le laboratoire LM2E de l’Ifremer. En revanche, il travaille de façon approfondie sur la phylogénie et le métabolisme de certaines souches ainsi que sur leurs applications biotechnologiques.

Les écosystèmes microbiens des produits de la mer quant à eux sont étudiés dans leur globalité afin d’élucider les phénomènes d’'altération liés au développement rapide de bactéries qui trouvent dans la chair des conditions favorables à leur développement (pH post-mortem élevé et forte concentration en composés azotés non protéiques de faibles poids moléculaires rapidement métabolisés). Contrairement aux poissons ou crustacés frais, les produits légèrement préservés renferment un écosystème microbien complexe comportant souvent plus d'une vingtaine d'espèces bactériennes qui diffèrent selon le produit, son origine, le procédé de traitement ou encore l'usine de production. EM3B travaille sur la connaissance de ces écosystèmes selon des techniques culturales qu'il adapte aux produit de la mer, ainsi que des techniques a-culturales telle que l’électrophorèse en conditions dénaturantes, TTGE (Temporal Temperature Gel Electrophoresis), la T-RFLP (Terminal Restriction Fragment Lenght Polymorphism) ou les NGS (New Generation Sequencing). Il développe notamment des bases de données d'empreintes moléculaires spécifiques des produits marins et des outils de typage (PCR-RFLP, PCR-ITS, AFLP…). Ces travaux permettent d’enrichir les collections de bactéries marines d’EM3B et certaines sont étudiées plus en détail.

Profil T-RFLP d'un échantillon de thon (Thunnus albacares) conservé sous glace pendant 6 jours