Molécules anti-microbiennes

Cette thématique, débutée fin 2014, a pour objectif de rechercher de nouvelles activités anti-microbiennes chez les bactéries marines originales présentes dans les souchothèques du laboratoire. La résistance des bactéries pathogènes aux antibiotiques disponibles se multiplie et le nombre de souches multi-résistantes ne cesse de croître, ce qui représente un grave problème de santé publique. La découverte de nouveaux anti-microbiens est donc primordiale. En criblant des bactéries particulières non encore explorées sur ces activités, nous espérons découvrir de nouveaux anti-microbiens aux structures et activités spécifiques.

Une méthode de criblage moyen-débit a été mise au point, basée sur une méthode dite « spot on lawn » miniaturisée afin de travailler en microplaques et avec un robot pipeteur. Cette méthode consiste à déposer les souches à tester directement sur la gélose dans laquelle la bactérie cible est incorporée.

Inhibition de Brochothrix thermosphacta par des bactéries marines  

Le criblage des différentes collections du laboratoire est en cours. Leur capacité à inhiber 14 bactéries cibles pathogènes ou altérantes est évaluée. Une grande biodiversité sur les profils d’inhibition se dessine et quelques souches originales ont été mises en évidence.

L’optimisation de la production, la purification et la caractérisation des molécules responsables des inhibitions seront réalisées, grâce aux compétences du laboratoire en fermentation et extraction/purification de molécules marines.

L’objectif futur est d’étudier les mécanismes impliqués dans la production des molécules antimicrobiennes originales par une approche innovante intégrant des méthodes :

- de culture haut-débit (culturomique)

- de prédiction de l’équipement enzymatique et des clusters de biosynthèse (génomique)

- d’analyse structurale des métabolites produits (métabolomique - déréplication).